После смерти императора Павла двор вскоре покинул Михайловский замок, и в том же году, по повелению Александра I, замок поступил в гоф-интендантское ведомство, а мебель, статуи, картины и прочие вещи отосланы отсюда для хранения в Таврический, Мраморный, Зимний дворцы и в императорский кабинет. Большая половина бельэтажа дворца оставалась пустой, в остальной помещалась Конюшенная контора и Конская экспедиция; в нижнем этаже жили генералы Дибич, Сухтелен, архитектор Камерон, придворные служители и чиновники, всего до 900 человек. Затем здесь же доживал свой век старый кастелян замка Иван Семенович Брызгалов. В 1840 г. он бродил еще по Петербургу бодрым девяностолетним старцем, в однополом мундире, ботфортах и крагенах, с тростью в сажень, в шляпе с широкими галунами. Брызгалов был родом из крестьян и дослужился при Павле до чина майора; в замке он наблюдал за своевременным подниманием и опусканием подъемных мостов.
Михайловский замок служил императору Павлу I резиденцией только сорок дней.
После смерти императора Павла много перемен произошло как снаружи, так и внутри церкви. Многие украшения, как, например, вазы, стоявшие снаружи и внутри, сняты, нет изображений апостолов, нет канделябр в простенках первого и второго этажей, серебряных царских дверей и лампад, золотой лампады и позолоты в куполе и много другого. В 1822 г. дворец, до того времени называвшийся Михайловским, был переименован в Инженерный замок. До этого года в замке и в принадлежащих к нему зданиях в разное время помещались многие учреждения. Так, здесь стоял лейб-гвардии жандармский полуэскадрон, была школа слепых, комитет по благотворительной части, канцелярия министра духовных дел и просвещения. В 1819 г. в замке было Главное инженерное училище, потом, до 1917 г., и Главное инженерное управление Военного министерства. В октябре 1917 г. замок стал штабом юнкерского мятежа. В 19201930-х гг. здесь были Военно-инженерная школа и Военно-инженерный исторический музей РККА, а в 19251932 гг. Военно-техническая академия.
В наружной стороне Михайловского замка со дня постройки не сделано особенно важных изменений, за исключением того, что мраморные статуи и другие фигуры сняты и отправлены в другие дворцы и уничтожены укрепления и подъемные мосты. От прежних внутренних украшений осталась одна только Тронная зала с другой круглой комнатой, да еще в некоторых комнатах сохранилась на потолках живопись. В 1820 г. засыпаны окружавшие замок каналы, в 1840-х часть мраморной отделки интерьеров использована на строительство Нового Эрмитажа.
В 1817 г. в Михайловском замке был накрыт полицией в квартире жены полковника Татаринова «хлыстовский корабль». К этому хлыстовскому обществу принадлежал князь А. Н. Голицын, В. М. Попов, Лабзин, богатый помещик Дубовицкий, князь Энгалычев и другие. Здесь утром по воскресеньям к Татариновой собиралось до 40 человек.
Павел I, как говорят легенды, не нашел успокоения до сих пор, бродя ночами и стеная в коридорах Инженерного замка. Вполне вероятно, что он до сих пор пытается найти заговорщиков, задушивших его, и отплатить им...
В годы советской власти в замке располагался ЛенЦНТИ (Ленинградский центр научно-технической информации) и другие подобные организации. Сегодня здесь филиал Русского музея, но старые стены гостеприимства по-прежнему не излучают. Сторожа всегда здесь видели привидения. Среди сотрудников не было принято надолго задерживаться по вечерам; с наступлением сумерек и окончанием рабочего дня все спешили покинуть замок, чтобы не остаться наедине с призраками. Вроде бы ничего плохого Павел живым не делает (во всяком случае, никто ничего об этом не рассказывает), однако почему-то именно это привидение вселяет в христианские души суеверный ужас.
О Петербурге павловской поры мало записок. Самыми ценными являются, пожалуй, неизвестные до недавнего времени воспоминания европейской художницы француженки Э. Виже-Лебрен. Она была членом Парижской Королевской Академии, членом Академии св. Луки в Риме, и вообще, женщиной умной. Приведем некоторые выдержки.
«Император Павел I был очень умен, образован и деятелен, но странности его характера доходили до сумасшествия. Добрые движения души у этого несчастного государя перемежались проявлениями жестокости, и его расположение или гнев, милость или мстительность всегда были лишь проявлениями очередного каприза. По восшествии на престол он первым делом сослал в Сибирь Платона Зубова, конфисковав у того большую часть имущества. Прошло совсем немного времени, Павел вновь призвал Зубова в столицу, полностью возвратив ему богатства. В один прекрасный день весь двор мог наблюдать, как император представляет бывшего фаворита послам Грузии, осыпая его милостями со всей возможной благосклонностью.