12 августа 1942 г. архим. Клавдий был расстрелян, а о. М. Рождественский арестован в ночь с 18 на 19 января 1943 г. во время Божественной литургии на Крещение Господне в квартире А. Севастьяновой. Вместе с батюшкой были задержаны все присутствовавшие на богослужении 10 человек. Но обвинительное заключение от 4 марта 1943 г. по делу «антисоветской нелегальной группы церковников-иосифлян, последователей т. н. Истинно-Православной Церкви» было составлено лишь на трех человек: М. Рождественского, А. Севастьянову и бухгалтера кооперативной артели Н. Крупенникову. Следственный материал в отношении еще 19 иосифлян был выделен в особое производство для дополнительного расследования и последующего привлечения этих лиц к уголовной ответственности.
Отец Михаил подвергался допросам 13 раз: с 19 января по 24 февраля. На первом допросе батюшка заявил: «Называть лиц, у которых я нелегально проживал, не буду, так как не желаю подвергать их репрессиям за оказанное мне гостеприимство». Хотя в дальнейшем священник дал довольно обширные показания, он признал лишь один единственный факт сделанного им в январе 1943 г. «антисоветского высказывания»: «Я, узнав из газет, что митрополиты Сергий и Алексий отчислили средства на пожертвование советской власти в фонд обороны страны, заявил своим окружающим, что митрополиты Сергий и Алексий поступили последовательно той Декларации, которую они приняли в 1927 г., и пошли на примирение с советской властью. Одновременно с этим я призывал своих единомышленников не принимать участие в этом пожертвовании и никаких средств от себя не выделять, так как мы, иосифляне, помогать советской власти не должны за ее отношение к религии»[482]
.Несомненно, что о. Михаил был бы расстрелян, как архим. Клавдий, если бы не счастливая случайность. Сохранились воспоминания самого священника о его аресте (в изложении духовных детей): «По пути в тюрьму, в „воронке“, следователь вдруг сказал арестованному о. Михаилу: „Михаил Васильевич, какой Вы счастливый!“ „Большое счастье — в тюрьму везут“, — отвечал о. Михаил. Оказалось же, что вчера, 18 января, произошел прорыв блокады, и смертная казнь по этому случаю была отменена! „Если бы Вас успели арестовать еще вчера утром, то непременно бы расстреляли“, — пояснил следователь»[483]
.Судебное заседание Военного трибунала войск НКВД Ленинградского округа и охраны тыла Ленфронта состоялось 13 марта 1943 г. На этом суде М. Рождественский так объяснил свое негативное отношение к пожертвованиям верующих в Фонд обороны: «К советской власти я был настроен не сочувственно, говоря против сбора добровольных пожертвований на вооружение, я этим преследовал свои религиозные убеждения. Я думал, что, давая средства на вооружение, я этим поддерживаю советскую власть, у меня были свои идеологические убеждения, вследствие которых я устранился от активной помощи. В первую империалистическую войну Церковь и государство были едины, а сейчас Церковь и государство отделены, почему тогда священники должны играть активную роль? Защищать свое Отечество с оружием в руках, как священник, я не могу». При этом о. Михаил категорически отверг обвинение в сочувствии фашистам: «Успехам немецкой армии я не радовался, т. к. немцы принесли бы религии не лучшее, а худшее, и если бы я ждал немцев, то мог бы остаться в Стрельне, когда они подходили»[484]
.Другая обвиняемая, А. Севастьянова, на суде показала, что, когда она на работе сдала деньги в Фонд обороны и поделилась этим с о. Михаилом, он на такое признание ей ничего не сказал. Севастьянова также призналась, что критически говорила знакомым о современной жизни: «С тех пор как свергли царя — Помазанника Божьего, от земли отступила благодать, на людей пошло гонение, церкви все позакрывали, и началась тяжелая жизнь…все трудности даются Богом, и их нужно воспринимать, как кару Господню». В этот же день, 13 марта, трибунал приговорил М. Рождественского и А. Севастьянову к 10 годам лагерей с последующим поражением в правах на 5 лет, а Н. Крупенникову — к 7 годам заключения в лагерь и поражением в правах на 3 года. Отец Михаил отбывал срок заключения в Коми АССР под Воркутой[485]
.