Зарождение в искусстве новых тенденций, уводивших живопись от предельной ясности реализма, не радовало Иллариона Михайловича, отвергавшего нервные искания формы. «Искусство живописи, – горячился он, – стало теперь неогороженным полем, куда всякий может заходить и испражняться». Вспоминают, какое удручающее впечатление произвела на Прянишникова работа его бывшего ученика Нестерова «Юность Сергия», представленная на Передвижной выставке 1892 года. Увидев полотно, Илларион Михайлович стал громко, не обращая внимания на публику, высказывать своё категорическое неприятие картины, «делал гримасы, передразнивая лицо и позу изображённого…» Идейные основы Товарищества оставались для художника незыблемыми.
В последние годы жизни в своём творчестве Прянишников отдавал предпочтение сюжетам из быта среднего городского сословия. Для более крупных работ уже не находилось сил. Чахотка, медленно подтачивавшая здоровье художника, осенью 1891 года нанесла серьёзный удар и даже вынудила Иллариона Михайловича оставить Москву ради благотворного крымского воздуха. Без привычного, насыщенного трудами и полемическим общением образа жизни художник очень тосковал. «Теперь всякому земляку радуешься, как родному брату», – писал он близкому другу пейзажисту Александру Александровичу Киселёву. О тревожной судьбе искусства теперь приходилось размышлять в письмах. «Не могу также согласиться с Вами во взглядах на новизну, – настаивал Прянишников в письме Киселёву: – Что для меня составляет новизну, то другому, может быть, уже в зубах навязло и не составляет ничего нового. Мода ищет новизны, хотя, увы, ничто не ново под луною, кроме истины, которая вечно нова и для искусства составляет и красоту, и новизну».
В переписке с друзьями Илларион Михайлович неизменно интересовался делами Товарищества, размышлял о назначении искусства, утверждая, что художественное творчество не имеет морального права чрезмерно увлекаться формой, пренебрегая при этом самым главным – содержанием. Из ответных посланий больной художник узнавал о проводимых выставках и прочих событиях художественной жизни, а в октябре 1891 года Владимир Маковский навестил Прянишникова в Крыму. К концу следующего года Илларион Михайлович почувствовал некоторое облегчение и тут же засобирался в Москву, чтобы поскорее взглянуть на работы учеников, без его советов наверняка сбившихся с истинного пути. Да и собственные творческие идеи, несмотря на упрямую хворь, его бодрили и вселяли надежду.
В конце 1893 года Прянишников за очевидные заслуги был избран действительным членом Академии художеств, что предоставляло возможность педагогической деятельности в стенах этого главного художественного учебного заведения. Однако многим планам уже не суждено было сбыться.
Смерть настигла художника 12 марта 1894 года. До конца дней, вопреки изматывающей болезни, Прянишников сохранял жадный интерес к жизни и за несколько дней до кончины с горечью признавался жене в своей готовности «покаяться в грехах, уверовать в любых богов – только бы жить».
В единственном браке с Еленой Флегонтовной (урождённой Воскресенской) – сестрой известного скульптора Сергея Воскресенского – у Прянишникова не было детей. Любопытно, что на сестре Елены Флегонтовны, Александре, был женат художник-передвижник Сергей Николаевич Аммосов, а их дочь, Серафима, состояла в браке с учеником Прянишникова и тоже впоследствии членом ТПХВ Алексеем Михайловичем Кориным.
Супруга Иллариона Михайловича не отличалась крепким здоровьем и даже страдала психическим расстройством. Однажды, когда Лев Николаевич Толстой в очередной раз пришёл навестить Прянишникова, а художника не оказалось дома, его жена, рассмотрев визитёра в замочную скважину, приняла невзрачно одетого писателя за жулика и в панике забаррикадировала дверь. Овдовев, больная, почти ослепшая Елена Флегонтовна долго хлопотала о пенсии, а через несколько лет перебралась в Лальск, где жила родня её покойного мужа. Теперь она могла рассчитывать только на её поддержку.
Основные даты жизни и творчества И. М. Прянишникова