Гермокабина «Спитфайра» заметно уступала по эффективности кабинам современных реактивных самолетов. Внутри кабины «Спитфайра VI» давление превышало забортное всего на 0,14 атм. На практике это означало, что на высоте 11300 м внутри кабины царило разряжение как на высоте 8500 м. Хотя пилоту приходилось все равно пользоваться кислородной маской, гермокабина спасала его от других физиологических проблем. Борьба с недостаточной герметичностью продолжалась еще долгое время. Постепенно выявлялись и устранялись места утечки. Например, одним из неожиданно слабых мест кабины оказались уплотнители жгутов электропроводки.
Кроме гермокабины и высотного двигателя Mk.VI отличался от Mk.V еще рядом деталей. Для дополнительной герметизации на высотном истребителе убрали дверку в борту фюзеляжа, облегчавшую пилоту вход и выход в кабину. Дополнительно фонарь оснастили надувным резиновым уплотнителем. Для более эффективной работы двигателя на больших высотах, применялся четырехлопастный винт. Самолет также оснастили продолговатыми законцовками крыла, увеличившими размах до 12,24 м и площадь до 23,09 м2.
Первый серийный «Спитфайр VI» собрали в декабре 1941 года. В феврале 1942 года второй серийный Mk.VI (AB200) проходил испытания в Боском-Даун.
В мае 1942 года Mk.VI (BR289) доставили в AFDU.
В конце 1942 года в Фарнборо для Mk.VI разработали устройство впрыска жидкого кислорода. Впрыск позволял поднять потолок самолета на 600 м и увеличить его максимальную скорость на предельных высотах на 65–80 км/ч. Однако система оказалась очень чувствительной к повреждениям, грозя взрывом. Поэтому боевых условиях ее применять было нельзя.
Выпуск Mk.VI свернули в октябре 1942 года, собрав 100 самолетов. Бороться с Ju 86 пришлось уже истребителя следующей модификации — «Спитфайр IX». Летные качества «Спитфайра VI» не позволяли ему активно действовать на высотах более 11600 м.