Настоятельница монастыря 54-летняя сестра Мария Йозефина Вальбурга Мор записала в монастырских протоколах: «1 октября ровно в 12 часов французы напали на русских за каменным мостом (по слухам, около 10 тыс. человек). У первых были пушки. Обе стороны отчаянно сражались, со стороны французов было множество убитых. На протяжении всей битвы из Ури всё время прибывали русские солдаты… Русские всё больше продвигались вглубь долины… Обе стороны несли большие потери, русские постепенно оттягивали войска к Гроссталю. Французы преследовали русские войска страшным огнем из пушек и из ружей. В конце концов русские перешли в наступление. По обеим сторонам гор французов гнали 800 кавалеристов, а из центра долины — многочисленная пехота. Стремительно бросилась в атаку русская армия и гнала французов прочь из долины. Французы неслись сломя голову, отступать им пришлось по узкой тропе через мост, где они потеряли много людей. Из-за столпотворения на мосту, узкой тропы и приближающегося врага многие французы сорвались в Муотту, в которую сами же толкали друг друга в стремлении удержаться на мосту. В реку упали французский генерал вместе со своей лошадью, тележка с боеприпасами и четырьмя лошадьми. Французов преследовали до Шененфельда, кавалерия — до Ибаха и полей. Русские привели много пленных, среди которых были генерал, его адъютант, командир батальона, майор-адъютант, капитаны и лейтенанты, всего 11 офицеров и от 1500 до 1600 рядовых».
Настоятельнице вторит церковный староста Франц Бет-черт, записавший в своем дневнике: «1 октября. В этот день французы в количестве 14 тыс. человек напали на русских, хотели взять их в плен и двинулись к женскому монастырю, но кавалерия и стрелки русского войска обратили самих французов в бегство… взяли многих в плен. Они отступали к Бюолю и Хинтербергшутцу, но и там их преследовали русские солдаты. Французы бежали сломя голову, карабкались в горы, многие срывались с Чертова моста в быструю реку Муотту. По всей долине остались следы той битвы, а русские так и гнали французов за поля».
Сокрушительное поражение, превращенное французским командованием в «небольшую неудачу», охладило победный пыл охотников за суворовской армией. Сам Массена бросился подкрепить Молитора, запиравшего северо-восточный выход из Муттенской долины.
Французов напугал не только мощный контрудар суворовцев. Розенберг послал властям Швица требование заготовить хлеба, мяса и вина на 12 тысяч русских, которые завтра вступят в город. Эта военная хитрость заставила первого помощника Массена генерала Сульта разослать приказание об обороне позиций позади Швица, благодаря чему корпус Розенберга оторвался от неприятеля и беспрепятственно отступил на восток к главным силам.
В Гларисе Суворов снова собрал военный совет. А.Ф. Петрушевский замечает: «Обстоятельных сведений об этом совете нет… Но есть известие, что великий князь восстал против предлагаемого Суворову австрийским Генеральным штабом движения на Молис, Везен и Саргане и что это мнение советом было принято. Последовало решение — взять путь кружной, но безопасный». Ввиду отсутствия патронов и артиллерии пришлось уклониться от новых сражений с крупными силами неприятеля и, преодолев труднопроходимый хребет Панике, спуститься в долину Верхнего Рейна, чтобы забрать обозы, полевую артиллерию и двинуться на соединение с Корсаковым. Линкену, так и не сделавшему попытки помочь Суворову, было приказано заготовить к 25 сентября провиант на два дня.
К оставленным в Муттентале тяжело раненным прибавились новые, помещенные в наскоро устроенном в Гларисе госпитале, с письменной просьбой о человеколюбивом отношении к ним, обращенной к начальнику первого вступившего в селение французского отряда. Всего раненых было 800 русских и столько же французов, уже получивших необходимую помощь от победителей, что было честно отмечено французским командованием.
Упустив Суворова, Массена попытался, перегруппировав свои силы, добить Корсакова и Конде. 26 сентября (7 октября) французы стали выдвигаться к местечку Шлатт. Русская разведка на этот раз была на высоте. Узнав о сосредоточении неприятеля, Корсаков ночью переправил на левый берег Рейна значительные силы — 12 тысяч штыков и три тысячи сабель — и неожиданно атаковал французов, находившихся на марше и не успевших принять боевой порядок.
Ввод в сражение главных сил не принес Массена успеха. Войска Корсакова, стараясь отомстить за цюрихскую катастрофу, дрались прекрасно, а затем отошли на правый берег Рейна, уничтожив мосты. «Журнал Комаровского» (адъютант великого князя вел по поручению своего шефа хронику кампании) ограничивается лишь краткой записью от 28 сентября: «Г[енерал]-Лей[тенант] Римский-Корсаков донес Господину] Фельдмаршалу], что 26 числа атаковал он неприятеля при деревне Шлатте в окрестностях Шафгаузена и, взяв у него 2 пушки, 1 знамя и несколько пленных, принудил его отступить из занимаемой им позиции».