Переезд касался и военных ведомств. Наркомат обороны и наркомвоенмор также отправлялись в Куйбышев, а вот Генеральный штаб во главе с Б. М. Шапошниковым эвакуировался на заранее подготовленный командный пункт в г. Арзамасе, Горьковской области. Сам Сталин собирался уехать 16 октября или позднее, но потом решил подождать.
В последующие дни из Москвы на юго-восток сплошным потоком устремились эшелоны с посольствами, сотрудниками наркоматов, а также с оборудованием предприятий и рабочими. Большинство поездов шли по Московско-Рязанской железной дороге, от которой передовые немецкие части отделяло всего 170 км. Бомбардировщики Люфтваффе постоянно атаковали коммуникации в прифронтовой полосе, поэтому риск попасть под бомбежку для сотрудников эвакуировавшихся госучреждений и дипмиссий был очень велик. И лишь поезд с работниками Генштаба двигался по более безопасной железной дороге Москва – Казань.
Для защиты новой столицы с воздуха Сталин приказал командующему Московской зоной ПВО снять некоторые части с прикрытия Москвы и отправить в Куйбышев. Выбор Громадина пал на 767-й и 862-й ЗенАП. Вместе с ними в Среднее Поволжье отправились 14-й, 40-й и 45-й прожекторные батальоны. Все эти части занимали в основном восточные сектора противовоздушной обороны столицы, нападение с которых считалось маловероятным. Отдельную группу ПВО сформировали и для Арзамаса, куда переезжал Генштаб. Для нее нашлись даже остродефицитные РЛС РУС-2.
В самой же Москве сведения об эвакуации правительства и приближении немцев к городу быстро распространились среди населения, а 16 октября вообще появился слух, что вражеские танки уже вошли в город. В итоге в столице начались невиданных масштабов паника и мародерство.
Рабочий одного из московских заводов вспоминал:
Почти перестал ходить общественный транспорт. Сбежало все начальство одного из авиационных заводов. Тысячи людей удирали на восток на машинах, телегах, велосипедах, многие шли пешком, обвешанные котомками. На шоссе Энтузиастов, ведущем из Москвы на восток, в направлении Горького, начались массовые погромы. Разъяренная толпа опрокидывала автомобили с начальством и грабила их имущество, а потом сбрасывала в кювет. При этом органы НКВД никак не реагировали на происходящее. Во дворе завода Точизмеритель им. Молотова толпа рабочих разгромила автомашины работников Наркомата авиационной промышленности. Рабочие колбасных цехов мясокомбината им. Микояна, уходя в «отпуск», растащили пять тонн колбасы.