Разработка гидротермальных зон также чревата разрушением экосистем, коренным образом изменивших представление о жизни на Земле. В 2017 году Международный орган по морскому дну выдал польской горнодобывающей компании разрешение на разведку в районе Срединно-Атлантического хребта сроком на 15 лет, в том числе на Трансатлантические геотраверсные гидротермальные поля (ТАГ –
Помимо непосредственного воздействия горнодобывающей техники, серьезную озабоченность вызывает влияние «хвостов» обогащения полезных ископаемых – отходов и загрязненной морской воды, которые остаются после переработки ценной руды на судне. Эти «хвосты» либо будут перекачивать обратно к месту добычи, где они смешаются с уже существующими илистыми шлейфами, либо, если это окажется слишком дорогостоящим, спускать по трубопроводу в открытые воды на глубину около километра, где они будут создавать новые проблемы. Хлопья морского снега, как правило, единственные частицы, дрейфующие в сумеречной и ночной зонах. Шлейфы отходов привнесут в их гущу потоки грязи, включающие мелкозернистые донные отложения, которые будут находиться во взвешенном состоянии годами и переноситься океанскими течениями на сотни миль. Многочисленные нежные виды, такие как гребневики и сифонофоры, паутинные черви и черви-бомбардировщики, аппендикулярии и медузы, задохнутся и уйдут на дно под тяжестью оседающих на них частиц, их жабры и чувствительные пищевые аппараты будут забиты так, что они не смогут дышать и питаться. Шлейфы пыли и грязи будут в значительной степени поглощать голубое свечение, блокируя наиболее распространенный цвет, используемый биолюминесцентными животными для общения. Их мерцающие огоньки-сообщения, призванные приманивать и предостерегать, не смогут пробиться сквозь непроницаемый мрак. Эти шлейфы будут содержать и частички токсичных металлов, выделяемых из измельченных руд морского дна. В открытой воде подобные загрязнители могут без труда проникнуть в сложную пищевую цепочку, связывающую глубины с поверхностными водами. Питающийся морским снегом зоопланктон и медузы, вероятно, подхватят эти частицы и передадут их по пищевой цепи в более мелководные моря во время своих ночных миграций к поверхности.
Ученые отслеживали китовых акул, когда они проплывают через Тихий океан, проходя прямо через зону Кларион-Клиппертон. Если начнется добыча конкреций, то долгоживущие акулы неизбежно начнут поглощать и накапливать токсины из загрязненного планктона, который они отфильтровывают из воды всякий раз, когда проплывают по этой зоне. Кожистые черепахи тоже совершают подобные трансокеанские путешествия, а также ныряют на глубину до километра, чтобы полакомиться медузами, возможно, они попадут прямо в гущу грязных шлейфов. И хотя на данном этапе мы не знаем, насколько сильным окажется воздействие токсинов на черепах, акул, а также на морских птиц, китов и многих других животных, оказавшихся в районе разработки, эти существа неизбежно пострадают в той или иной степени.
Еще одна серьезная проблема с большим числом неизвестных состоит в том, как токсины, выделяемые в процессе разработок морского дна, подействуют на рыбный промысел. Половина мировой добычи тунца приходится на Тихий океан, включая зону Кларион-Клиппертон и ее окрестности. Многие виды тунца мигрируют на большие расстояния и, скорее всего, будут проплывать через загрязненные районы. Большеглазый и желтоперый тунцы в поисках пищи совершают длительные погружения в сумеречную зону, где, как и кожистые черепахи, могут подвергнуться прямому воздействию отходов добычи полезных ископаемых. Рыболовство обеспечивает тысячи рабочих мест и приносит значительный доход тихоокеанским островным государствам, но все это может оказаться под угрозой, если загрязняющие вещества попадут в сэндвичи и салаты с тунцом. В настоящее время лишь очень немногие могут непосредственно убедиться в губительных последствиях глубоководных разработок, но их будет трудно игнорировать, если токсичное воздействие распространится по всему океану и затронет все человечество.