Максимилиан Франц намеренно взялся за посредничество между Веной и имперскими князьями. В первые дни войны он продолжал работать над своими планами реформ дворов трех церковных электоров и предостерегал от любого вовлечения империи в войну с Французской революцией. Если война должна быть, полагал он, императору следует передать квазидиктаторские полномочия на время ее продолжения. В последний раз он покинул Бонн 3 октября 1797 г. -за несколько дней до того, как в город вошли французы. Впоследствии он с горькой иронией заметил в разговоре с австрийским послом, что дело зашло так далеко, что ему, несомненно, ничего не остается, кроме как надеть красный колпак и стать якобинцем. Самым большим оставшимся у него желанием было совершить турне по Америке. В апреле 1800 г. он перенес свою резиденцию в Вену, где и умер 27 июля 1801 г. в возрасте сорока четырех лет и был похоронен в склепе Капуцинеркирхе.
Эрнст Мориц Арндт, который не был другом ни церковного ордена, ни старого режима (дореволюционной Франции), ни Австрии, объехал все земли электората во время его оккупации французами и записал свои впечатления : «Правление Максимилиана - этого гуманного и либерального принца из Австрийского дома, по-видимому, положило начало новому течению жизни людей. Он был щедрым в своем покровительстве всех мирных занятий, заботился о молодой поросли, учащейся в университете, следовал примеру своего великого брата, восстанавливая человеческий интеллект в его священных правах, стремился вдохнуть новую жизнь в производственные предприятия, и, отбросив всю помпезность (нужную только слабым), он стоял впереди как первый гражданин своего государства. Таким образом, Кёльнский электорат был одной из счастливейших земель до тех пор, пока не разразилась война и не опустошила чудесные земли на Рейне».
Подобно многим своим предкам-императорам Максимилиан Франц был очень музыкален. Он играл на струнных инструментах, и ближе к концу жизни с особым удовольствием играл на альте, и он упражнялся в пении. В Вене он присоединялся к музыкантам в доме своего брата и помогал Иосифу решать, какие новые оперы стоит ставить. Максимилиан Франц приветствовал новое немецкое движение, представителями которого были Глюк, Гайдн, Моцарт. Его знакомство с Моцартом началось в 1775 г., когда композитор написал оперу
Бетховен родился и вырос в Бонне - столице Кёльнского электората. Его отец - тенор Иоганн ван Бетховен - был членом певческой капеллы. Когда Бетховен поехал в Вену учиться под руководством Гайдна, Максимилиан Франц продолжил выплачивать ему регулярное денежное содержание в размере четырехсот гульденов и заплатил ему еще пятьсот в качестве суточных. Имя Бетховена фигурирует в проекте «создания» нового электората, основанного в Мюнстере (в 1803 г. Кёльн исчез). Есть упоминание о том, что он остался в Вене без регулярного денежного содержания «в ожидании вызова». Бетховен хотел посвятить свою первую симфонию «своему» электору, но Максимилиан Франц умер, прежде чем произведение было закончено. Именно как незаконченная симфония империя перешла к своим государствам-преемникам.