Нет возможности рассказать обо всех чудесах, которые связаны с именем о. Иоанна, но о происходящем в усыпальнице умолчать нельзя. Эти чудеса стали совершаться сразу после похорон батюшки, а через несколько лет уже была издана целая серия книг, в которых описывались удивительные исцеления больных и бесноватых возле гроба великого праведника.
В 1923 году доступ в усыпальницу был закрыт. Она открылась только в 1991 году. И вскоре в ней снова начали происходить чудеса. Вот некоторые из них.
…Осенью 1992 года у Григория Андреевича Василевского, военного музыканта из поселка Печенга, что под Мурманском, тяжело заболел сын, десятилетний Сережа. У мальчика начались сильные головные боли. Он был положен на обследование в нейрохирургическое отделение Мурманской областной больницы. Ядерная томография выявила опухоль головного мозга. Врачи не стали скрывать от родителей, что при таком заболевании дети обычно умирают или становятся инвалидами. В начале января 1993 года Сережа был направлен в Санкт-Петербургский нейрохирургический институт им. А. Л. Поленова. Предстояла тяжелейшая операция, надежды на выздоровление практически не было. Никогда раньше ни Василевский, ни его жена не были на исповеди и причастии, да и в самом поселке Печенга (сто шестьдесят километров от Мурманска) не было храма. Но прежде чем выехать в Петербург, родители Сережи пришли в Мурманскую церковь. Один из клириков, узнав об их беде, рассказал о святом праведнике Иоанне Кронштадтском и дивных исцелениях, связанных с его именем. Он дал им адрес Иоанновского женского монастыря в Петербурге.
В монастырь они попали 12 января к вечерне и сразу обратились к священнику с вопросом: «Что делать?» Тот рассказал им о необходимости исповеди и причастия и посоветовал со всем усердием молиться отцу Иоанну Кронштадтскому. На следующий день все трое, впервые принеся покаяние, причащались. В этот же день мальчика положили в больницу.
Предварительные анализы подтвердили наличие опухоли. Каждый день муж и жена Василевские приходили в усыпальницу и молились перед мощами кронштадтского праведника. Сережа в больнице тоже молился…
Позже мама Сережи вспоминала: «Однажды ночью мне приснился седой старец. Я стояла с Сережей и плакала, просила его, чтобы он исцелил моего сына. Он долго слушал меня, и я очень боялась, что он откажет мне. Но он встал, подошел к Сереже и стал что-то говорить и гладить его по головке. Что он говорил, я не слышала. Но проснулась я впервые за два месяца очень счастливой и радостной, и почему-то я уже в душе точно знала, что Сережа будет здоров!»
21 января 1993 года ребенка направили на повторную томографию мозга в диагностический консультативный центр № 1 Санкт-Петербурга. Компьютерная томография показала невероятное: опухоли не было! Удивлению врачей и радости родителей не было предела. Мальчика выписали из больницы здоровым.
…Житель Подмосковья Владимир Васильевич Котов страдал болями в правой руке. К весне 1992 года она почти перестала двигаться. Врачи установили предположительный диагноз ― тяжелый артрит правого плеча, но существенной помощи оказать не сумели. Однажды больному попалась в руки книга о святом праведном Иоанне Кронштадтском. Прочитав ее, он решил ехать в Петербург. 19 августа 1992 года Котов исповедался, причастился, отслужил молебен святому праведному отцу Иоанну Кронштадтскому и смазал больную руку освященным маслом из лампады от гробницы святого. По окончании богослужения он, выйдя из монастыря, направился к трамвайной остановке. Владимир Васильевич повесил сумку на правое плечо и аккуратно уложил на нее беспомощную руку, как он обычно делал в последнее время. При ходьбе сумка начала спадать, и он машинально поправил ее правой рукой, не почувствовав никакой боли. Остановившись, еще не веря самому себе, он снова начал двигать рукой. Она оказалась совершенно здоровой.
…Украинка Ольга Сойлук страдала болезнью носоглотки, двенадцать лет она не могла нормально дышать носом. Весной 1993 года течение болезни обострилось; приходилось каждые полчаса пользоваться каплями. Больной сделали операцию, но безрезультатно. Врачи сказали, что без трех последовательных операций не обойтись, так как сильно искривлена носовая перегородка и омертвела слизистая оболочка. В Страстную седмицу Ольга отправила письмо из Украины в Иоанновский монастырь, прося помолиться у мощей святого праведного Иоанна Кронштадтского, и на Светлой седмице уже дышала свободно. «Даже не верится, ― пишет она в благодарственном письме, ― что теперь я свободный человек, не привязанный к аптеке…»