После вечерни и утрени в кафедральном соборе участники освидетельствования мощей постепенно начали спускаться в крипту с гробницей владыки Иоанна. Участвовали: архиепископ Антоний, архиепископ Лавр, епископ Кирилл, прот. Стефан Павленко, прот. Петр Перекрестов, свящ. Георгий Куртов, свящ. Сергий Котар, свящ. Александр Красовский, иеромонах Петр (Лукьянов), свящ. Павел Ивашевич, протодиак. Николай Поршников, диакон Алексий Котар, иеродиак. Андроник (Таратухин), чтец Владимир Красовский и смотритель усыпальницы Борис Михайлович Троян. Все архипастыри и священники по очереди читали у гробницы Святое Евангелие. Ровно в 9 часов вечера преосвященными была отслужена панихида по владыке Иоанну. После панихиды архиепископ Антоний произнес краткое слово, призывая всех участников этого святого дела быть примиренными, и затем, сделав земной поклон, испросил у всех прощения.
С благоговением, облаченные в епитрахили, при пении тропарей «Помилуй нас, Господи, помилуй нас» приступили к открытию саркофага. Священник Георгий Куртов заранее сделал деревянный гроб, который был принесен в усыпальницу. Благодаря подготовительной работе 17 сентября, крышка саркофага была снята без каких-либо затруднений. Продев ленты под гроб, духовенство вынуло его и поставило на подложенную на саркофаг доску. Оказалось, что в очень многих местах гроб совершенно проржавел, в том числе и дно. Иеромонах Петр достал хранившийся им в течение 27 лет ключ от гроба владыки Иоанна, но из-за ржавчины не смог гроб открыть. Была попытка отвинтить петли с противоположной замку стороны гроба, но и винты проржавели. Не желая такое святое дело совершать грубой силой, духовенство медленно пыталось открыть крышку. Владыка Антоний, увидев, что есть затруднения, запел «Не имамы иныя помощи...», и почти сразу замок был открыт. Все отодвинулись в сторону, пропустив архиепископа Антония к отпертой крышке гроба.
В 10 часов 10 минут вечера владыка Антоний с трепетом и страхом Божиим открыл гроб с честными останками приснопамятного архиепископа Иоанна. Необходимо отметить, что за исключением епископа Кирилла, который участвовал в открытии мощей новопреподобномучениц кн. Елизаветы и инокини Варвары в Иерусалиме, никто из присутствовавших не был свидетелем открытия мощей, и это еще больше усугубило благоговейный трепет, с которым окружили гроб владыки Иоанна. Лицо владыки Иоанна было закрыто, и все первым долгом обратили внимание на его светлые нетленные руки. Белое облачение и митра владыки Иоанна позеленели. Перекрестившись и читая 50-й псалом, владыка Антоний снял с лица владыки Иоанна воздух, и все увидели нетленный лик приснопамятного иерарха. Кожа на лице владыки светлая595
. Борода полностью сохранилась. На месте глаз небольшие отверстия, но это еле заметно, поскольку митра на голове владыки Иоанна сидит очень низко. Подризник владыки почти полностью истлел, и видны его ноги – они темные; известно, что у владыки Иоанна были очень больные ноги и еще при его жизни были темными от ран. Заметно пятно на ноге владыки – место, где была кровавая рана. Не было ни благоухания, ни неприятного запаха, однако слегка слышался запах сырости – не то земли, не то ржавчины. После открытия лица владыки Иоанна стояла необычайная тишина, затем все начали внимательно осматривать святые останки и тихими голосами отмечать состояние как останков, так и облачения, креста... По очереди все приложились к нетленным останкам владыки Иоанна.Было решено переложить мощи в новый деревянный гроб. Духовенство не знало, насколько тело хрупкое, и поэтому подложило под него пелену и только тогда перенесло его в новый гроб при пении ирмосов Великого канона «Помощники покровитель... На недвижимом, Христе, камени...». Уже в новом гробу духовенство начало очищать останки владыки Иоанна от истлевшей подкладки (и подушки) гроба. Приподнятое высоко тело владыки Иоанна оказалось довольно легким по весу и окостенелым, а не гибким или хрупким, как предполагалось. Следует отметить, в каком состоянии находились участники освидетельствования мощей: после открытия лица владыки Иоанна ощущалось какое-то необыкновенное духовное спокойствие, необыкновенная благоговейная тишина. Никто не удивлялся, не разговаривал, а всем было так хорошо, так благодатно стоять у мощей владыки. Не было никакой спешки, никакой суеты – никому не хотелось отходить от мощей, а просто у них стоять, молиться и к ним прикасаться.