Первые контакты маронитов с крестоносцами датируются в 1099 годом, но юридическое объединение церквей произошло лишь в 1182 году. Принимая в XIII веке маронитов под свою юрисдикцию, Рим, по-видимому, воспринял у самой Маронитской Церкви идею, что она наследует апостольскую преемственность от Православной Антиохийской Церкви, а отделилась от нее в связи с уклонением в монофелитскую ересь и по политическим соображениям. Епископат и духовенство были приняты в общение в сущем сане через покаяние без особых исследований. Но спустя столетия Ватикан перестал полностью поддерживать предание об основании Маронитской Церкви. Рим как тогда, так и теперь не признает почитания первого маронитского патриарха Иоанна Марона не только из-за возможного монофелитства, но и по недостоверности самого его жития. Исторических свидетельств, достаточных для аргументированного вывода об истоках маронитской иерархии, не сохранилось, хотя версия о восприятии хиротоний от Антиохии представляется наиболее вероятной.
Марониты сохраняли в семье высокий авторитет старших, включая обеспечение их решающего влияния на выбор профессии (обычно дети продолжали дело родителей) и спутника жизни. Семья была и основным образовательным институтом. Здесь же у детей закладывались первые представления о вере, а затем продолжалось духовное воспитание. Именно поэтому, наверное, даже за два столетия крестоносцам не удалось принципиально латинизировать христиан региона, хотя первые шаги на этом пути они сделали. Период крестовых походов оставил заметный след в культуре маронитов, которые построили в это время множество храмов и монастырей с росписями, сочетающими в себе древние сирийские и латинские традиции.
После поражения крестоносцев в 1291 году непосредственные взаимоотношения Римской Католической и Маронитской церквей прервались практически на столетие, возобновившись лишь в XV веке усилиями францисканцев. Тем не менее, контакт с франками открыл западному влиянию эту общину, доселе замкнутую в ливанских горах, и хотя позже вновь воцарилась мусульманская власть во всей своей жестокости, марониты уже никогда не вернулись к былой замкнутости.
В XIII и XIV веках Маронитскую Церковь поддерживали лишь францисканские миссионеры. Однако верность маронитов Католической Церкви в этот период уже никем не ставилась под сомнение; уход крестоносцев снял проблему гражданской и политической власти.
Взаимоотношения Рима и маронитов в области вероучения были далеко не однозначными; в основном все сводилось к подчинению Папе и признанию его единовластия в Церкви. Нельзя утверждать также, что в XV веке Маронитская Церковь полностью отошла от монофелитства и других учений, не разделяемых
Римской Церковью. Такое положение сохранялось практически до конца XVI века.
Неустанные преследования и междоусобные войны вынудили маронитов искать убежище на Кипре, находящемся в нескольких сотнях километров от побережья Ливана, а также на Родосе, Мальте и других островах, бывших во владении европейцев. Первые маронитские поселения появились здесь еще в IX веке, а в XIII веке число маронитских общин заметно возросло. Они стали второй по численности после греков христианской конфессией на Кипре, построив около 60 поселков. Эмигранты занимали горные территории на севере острова. Здесь они сумели укрыться от мусульманского владычества и вести достаточно спокойную жизнь вплоть до захвата острова турецкими войсками (1570), тогда многие маронитские поселения были практически полностью уничтожены; оставшиеся общины продолжали входить в юрисдикцию архиепископа Кипрского, перебравшегося в Ливан и посещавшего остров в качестве представителя патриарха.
В середине XVI века Папа Климент VII, «проявляя добрую волю к маронитам», назначил куратора, которым стал кардинал Маркел Сервини (будущий Папа Маркел II). Папа Павел IV определил для этой миссии сразу двух ответственных иерархов – кардиналов ди Карпи и Барнардина. В результате деятельности францисканцев священноначалие маронитов оказалось в полной канонической зависимости от Рима; каждый новоизбранный патриарх должен был испрашивать благословения и подтверждения своих прав у римского понтифика. Латинизация Маронитской Церкви затронула уже и богослужебную, и бытовую практику. Но образованные и знающие ситуацию на Востоке францисканцы настаивали в Риме на необходимости более внимательного и выборочного подхода к восточным церковным традициям, хотя и считали это лишь вынужденным тактическим компромиссом.