В 70-х годах XVI века марониты встречались с папами Пием V и Григорием XIII; обсуждая богослужебную практику Маронитской Церкви. Многие древние книги маронитов имели сиро-яковитское происхождение или содержали учения, дошедшие из прошлого, новые же издания были в основном подготовлены на Западе. Все это говорит о том, что до XVI века Маронитская Церковь еще далеко не полностью отделяла себя от других восточных церквей. Католическая Церковь разорвала изоляцию маронитов, но направила их по своему пути. Латинизация проводилась во всех сферах: менялись не только догматические убеждения, но и стили жизни и богослужения. Духовенство начало использовать облачения, привозимые с Запада, вводился колокольный звон, внедрялось ношение перстней и наперсных крестов, крестное знамение по католическому образцу, использование опресноков за литургией. Но «модернизация» часто вызывала ропот. Многие изменения, по крайней мере в XV–XVII веках, находили
применение только в официальных патриарших или епископских богослужениях. Именно патриарх Иосиф III вводил западные традиции, наказывая духовенству как можно точнее копировать католическое богослужение и обряды. Он встретил сопротивление; ситуация была настолько накалена, что Папа Павел V в своем письме в марте 1610 года посоветовал преемнику Иосифа патриарху Иоанну IX Макхлоуфу (1608–1633) восстановить некоторые древние обычаи ради сохранения мира среди верующих.
В 1606 году патриарх Иосиф III ввел григорианский календарь, который был воспринят только среди сирийских и ливанских приходов, на Кипре же и в других колониях маронитов встречал огромное сопротивление практически до конца XIX века. Сиро-яковиты и несториане перешли на новый стиль только в 1836 году, греко-католики Мелхитского патриархата – в 1857 году, а армяно-католики – в 1911 году. Другие церкви Востока, включая Антиохийскую Православную Церковь, сделали этот шаг совсем недавно. В начале XVII века марониты перешли на новый принцип летосчисления – от Рождества Христова.
Маронитская Церковь стала центром зарождения ливанского национализма. Опираясь на поддержку Запада (в первую очередь Франции), патриархи гарантировали автономию страны, защищали народ от оттоманских властей и объединяли всех христиан и мусульман, мечтавших о независимости Ливана. В 1867 году султан Абдул Азиз с почестями принял патриарха Павла Масада и предоставил в его распоряжение дворец в Стамбуле. При Иоанне XII Хедже (1890–1898) маронитский патриарх почитался как великий восточный владыка. Лишь события Первой мировой войны внесли изменения в это положение. В 1915 году оттоманское правительство установило в Ливане военное положение и лишило привилегий всех, включая Маронитскую Церковь. Такие действия были осуждены патриархом Илией Хоуаиеком, а Франция высадила в Ливане войска и в конце войны оккупировала его согласно секретным договоренностям с Великобританией 1916 года. Среди нехристианского населения не было единства относительно идеи Великого Ливана. Часть суннитов в Бейруте приняла независимость, но большинство мусульман выступало за единение с Сирией. На Ливанской мусульманской конференции в 1933 году ее участники не смогли прийти к единому мнению относительно политики, направленной на объединение с Сирией, а конференция, созванная в 1936 году, вновь продемонстрировала разногласия среди мусульман.
Но и среди маронитов полного согласия также не наблюдалось. Христианские общины рассматривали патриарха как истинного лидера, способного представлять их интересы гораздо более эффективно, чем французский комиссар. И в действительности французский мандат оказался далеко не столь безоблачным, как его чаще всего представляют; были и открытые конфликты между французскими властями и патриархией.