Около четырех лет подвизались старцы на Святой Луке, обустраивая монастырь, в котором был установлен общежительный (киновийный) устав, учреждены службы в поварне, хлебне, на клиросе, многие послушания, а также заповедано со строгостию – «никому же каковы любо потребы держати и ничтоже звати свое, но все общее». Когда же обитель наполнилась монашествующими, а слава о ней распространилась по всему Заозерью, Дионисий принял решение покинуть Николаевский Святолукский монастырь. Причиной ухода стало горячее желание уединиться и «пребывать в совершенном безмолвии». От паломников старец услышал о пустынном месте в Глушицком лесу, где протекала одноименная речка. Место это находилось в пятнадцати верстах от восточного берега Кубенского озера.
Иринарх пишет: «Дионисий пошел искать сказанного ему пустынного места. Ночь застигла его на пути и когда он, после продолжительной, пламенной молитвы, лег отдохнуть и стал засыпать, то в легком забвении сна вдруг услышал, что в пустыне на реке Глушице кто-то как бы звонил в колокол. Дождавшись утра, пр. Дионисий устремляется далее, в ту сторону пустыни, откуда слышал звон, скоро достигает реки Глушицы и останавливается на возвышенном и крутом ее берегу. Долго смотрел он на раскрывшуюся перед ним пустынную картину природы: пред ним извилисто протекала Глушица, на зеркальной поверхности которой отражались лучи восходящего солнца, лиственные деревья и кустарники окаймляли берега, на небольших луговых мысах, образуемых течением реки, зеленела высокая трава и пестрели цветы, наполнявшие воздух своим ароматом, – далее во все стороны чернел дремучий лес, простиравшийся на несколько десятков верст, нигде не видно было следов человека, ни откуда не слышно было человеческого голоса, повсюду царствовало совершенное безмолвие».
Через 450 с лишним лет на этом месте окажется Андрей Николаевич Муравьев и опишет его так: «День склонился к вечеру, когда я доехал до города Кадникова, за 40 верст от Вологды, и думал, что уже был близок к своей цели, но меня поразила там неприятная весть, что еще оставалось 30 верст до первого монастыря Глушицкого, или бывшей Покровской лавры… а дорога самая бедственная… Действительно дорога была невыносима в телеге, по колеям и мостовинам. Мы оставили вправо большую Устюжскую дорогу и ехали проселком сперва по широким полянам, на которых видны были большие церкви, остатки прежних монастырей: такими храмами особенно красуется южная часть Вологодской епархии. Далее начались леса и болота, по которым едва можно было проехать. Смеркалось, когда мы достигли большого селения, версты за две от Покровского монастыря; ямщик отказался ехать далее, по незнанию дороги; было уже 11 часов ночи и трудно найти проводника. По счастию, выглянувший из избы крестьянин, согласился указать нам дорогу до Покрова, где мы надеялись найти себе ночлег на подворье монастырском… Отважный проводник шел впереди и, можно сказать, предваряя о глубоких колеях, когда уже все колесо в них погружалось. Тройкою проехали мы по таким узким гатям из хвороста… Наконец мы увидели пред собою пустынную речку Глушицу… и на противоположном ее берегу многоглавую обитель; она тускло сияла своими крестами в полумраке летней ночи; близко уже было к рассвету. Нельзя довольно выразить отрадного чувства, которое наполняет душу, после преодоления трудного дела, особенно когда достигнешь того, что казалось невозможным… Краткий отдых необходим был в гостинице монастырской, но почти некогда было им воспользоваться, потому что рано ударили в колокол к утрени, и надобно было идти в монастырь».
Через 135 лет после написания этих строк добраться до Глушицкой местности оказалось задачей не менее сложной. От деревни Исаково, расположенной на трассе Устье Кубенское – Вологда, едва различимый проселок, огибая Капустино болото, петляя вдоль лесных потоков, исчезая в глухих борах, уходил в сторону села Великий Двор, возникновение которого было связано с именем святого Дионисия. Именно на этом месте в 1410 году он учредил женскую обитель, построил деревянную церковь во имя святителя Леонтия Ростовского и украсил ее своими иконами.
В житии преподобного это событие описано так: «Оттого к преп. Дионисию приходило множество не только мужчин, но и женщин, желавших послушать его наставление, что было противно монастырскому уставу и опасно для братии. Жаль было преподобному отказать им в праве посещать монастырь, как единственное доступное им место для познания Закона Божия, но не мог он видеть и нарушение своего устава; тяжело было его отеческому сердцу лишить их духовной помощи и назидания, но дорого было спасение и братии, поэтому мудрый старец, удовлетворяя потребностям первых и обезопашивая последних, построил за две версты от Покровского монастыря особую церковь во имя святителя Леонтия Ростовского, чтобы там могли собираться женщины, желавшие слышать и видеть преподобного».