Так что Рудольфу фон Кракеру, можно считать, очень повезло, что он столь неудачно поскользнулся, иначе он разделил бы печальную участь пропавшего без вести Гюнтера Прина и его команды. Служить в Париже под началом вице-адмирала Деница было, безусловно, намного комфортнее, чем на пропитанной горьким запахом дизтоплива подлодке. Сам вице-адмирал вел в Париже скромную, размеренную жизнь, заботился о быте моряков, встречал их после походов, давал возможность отдохнуть между походами, за что на подводном флоте его любили и называли «Папа Карл». Рудольф относился к штабной работе как к «парижским каникулам», однако эти «каникулы» затянулись на три года, пока Дениц, которого Гитлер в январе 1943 года назначил главнокомандующим Кригсмарине, не переехал в Берлин. Одновременно с назначением Карл Дениц был произведен в гросс-адмиралы и теперь отвечал за все Военно-морские силы Германии. В первые же дни своего пребывания в должности главкома ВМС гросс-адмиралу Деницу удалось отговорить Гитлера от намерения сдать на металлолом все крупные корабли надводного флота, поскольку фюрер внезапно преисполнился уверенности в том, что они больше не могут принести никакой пользы для ведения войны. Подводному же флоту Дениц по-прежнему отдавал предпочтение и продолжал руководить действиями подводников.
С собой в Берлин гросс-адмирал Дениц взял наиболее преданных ему штабных офицеров, среди которых был и Рудольф фон Кракер. В Берлине судьба вновь свела Рудольфа с его бывшим шефом Альбертом Шпеером, которого Гитлер назначил год назад рейхсминистром вооружений и боеприпасов. Сам Шпеер, не служивший в армии даже солдатом и не имевший ни малейшего отношения к вооружению, рассматривал свое ошеломительное возвышение как невольный перерыв в архитектурной работе на время войны, как своего рода воинскую службу. Архитектура и впредь оставалась для него главной целью жизни, и новоиспеченный министр вооружений и боеприпасов поспешил заручиться обещанием Гитлера, что после войны тот снова назначит его своим архитектором. Гитлер пообещал ему это без малейших колебаний, при этом высказал Шпееру свою уверенность в том, что как его первый архитектор тот окажет еще немало ценнейших услуг рейху.
После того как гросс-адмирал Дениц заключил договор с министром вооружений и боеприпасов, по которому Шпеер принимал на себя ответственность за постройку военных кораблей, необходимых военно-морскому флоту, была создана судостроительная комиссия. В эту комиссию под председательством Деница вошли офицеры командования Кригсмарине и корабельные конструкторы, а также представители промышленности и министерства вооружений. Рудольфа фон Кракера, которого к тому времени уже произвели в корветтен-капитаны, Дениц тоже включил в эту комиссию. Задачей комиссии было утверждение типов судов, которые будут построены, а также подготовка необходимых планов и спецификаций. В случае появления разногласий между представителями командования ВМС и министерства вооружений и боеприпасов право окончательного решения предоставлялось главнокомандующему Кригсмарине. Так гросс-адмирал Дениц мог быть уверен в том, что он сам будет решать, какие корабли надо строить. При этом приоритетом для него были, конечно же, подводные лодки. В сравнении с началом войны результативность действий подлодок намного снизилась, и теперь, чтобы достичь таких же успехов, как и раньше, в море следовало отправлять все больше и больше субмарин. Поэтому Деницу было крайне необходимо строить как можно больше подлодок и как можно быстрее.
Инициатива создания секретной флотилии подлодок для транспортных операций Третьего рейха, получившая условное название подводной эскадры «А», принадлежала рейхсляйтеру Мартину Борману. Должность личного секретаря фюрера уполномочивала Бормана официально проявлять активность абсолютно в любой области, включая и подводный флот. При этом Борман наивно полагал, что раз лодки называются подводными, то они все время плавают под водой, поэтому он и выбрал такой вид транспорта, надеясь на то, что подводные лодки смогут никем не замеченными доставлять секретные грузы в любую точку земного шара.
Гросс-адмиралу Деницу, смутно себе представлявшему, зачем рейхсляйтеру Борману срочно понадобилась такая секретная подводная эскадра, пришлось его немного разочаровать. Дениц популярно объяснил Борману, что серийные подводные лодки не могут взять на борт большое количество пассажиров и грузов, что ставит под сомнение целесообразность использования их в грузоперевозочных целях. К тому же стоящие у них сейчас на вооружении подлодки не совсем подводные, скорее их можно было назвать ныряющими или погружающимися кораблями, то есть имеющими возможность скрыться из виду, погрузившись под воду.