Спустя три месяца новый директор Департамента полиции А.А. Лопухин последовал рекомендациям Ратаева, и тот составил вторую записку, в которой возложил всю вину за ужесточение мер по охране порядка и безопасности на либералов из числа знати и интеллигенции. Своими изданиями, собраниями, читальнями и воскресными школами для рабочих, возмущался он, эти люди искусно управляют общественным мнением и вовлекают в свое движение «добропорядочных» и умных союзников, к примеру несправедливо обвиняя правительство в «чудовищных жестокостях» по отношению к участникам студенческих демонстраций. Повсюду, где объединяются такие «серьезные люди», писал Ратаев, неизбежно возникают «революционные настроения… и движение».
Лопухин лично издал директивы и составил объяснительный циркуляр о новых розыскных пунктах в Вильно, Екатеринославе, Казани, Киеве, Одессе, Саратове, Тифлисе и Харькове. Поскольку служба политического сыска испытывала недостаток в кадрах, он вынужден был поставить во главе ряда отделений жандармских офицеров; обстоятельства также принудили его распорядиться, чтобы каждый начальник отделения сам вербовал и обучал секретных агентов, как штатных, так и нештатных. Что же до их полномочий, то лишь в исключительных случаях они имели право производить аресты и дознание без согласия начальника губернской жандармерии; для их содержания Лопухин увеличил статью расходов на секретных агентов в семи городах, где требовалось открыть розыскные пункты, а также на сотрудников подобных отделений, которые уже давно действовали в Петербурге, Москве и Варшаве.
В июне 1903 г. Лопухин, продолжая реорганизацию тайной полиции, повысил статус начальников розыскных пунктов и преобразовал последние в полноценные охранные отделения, численность которых за последние годы существования Российской империи достигла 75 и которые через Особый отдел подчинялись непосредственно Лопухину. На сей раз в его директиве начальникам местных отделений предписывалось уделить «особое внимание тому, чтобы [агенты] не участвовали в политических преступлениях»; к тому же он определил более четкий порядок проведения обысков, арестов и дознания, с тем чтобы выявлять и противозаконную деятельность революционеров, и опасную, но легальную агитацию, которую вели либералы.
В сентябре того же года в служебной записке одного из подчиненных Лопухина в секретариате Департамента полиции, М.Г. Труткова, говорилось о необходимости срочно создать разветвленную сеть охранных отделений для борьбы с беспорядками, поскольку действующие секретные агенты охранки не справляются со своей задачей. Признавая, что агентам полиции гораздо труднее обезвреживать умело работающих, не выходящих за рамки закона агитаторов, чем явных преступников, какими являются террористы, Трутков осудил повсеместные повальные аресты предыдущего года, в результате которых власти предстали в невыгодном свете, а переполненные тюрьмы фактически превратились в штабы и вербовочные пункты бунтовщиков. Передача новых подразделений в непосредственное подчинение Особому отделу, писал Трутков, обеспечивает более эффективное руководство в лице «вполне интеллигентного человека». После реорганизации прошло всего три месяца, а улучшение методов и результатов работы, утверждал он, уже налицо.
В тот период высокий, судя по всему, уровень образования среди сотрудников Особого отдела служил для руководителей охранки предметом гордости, отчасти, вероятно, потому, что это делало их достойными противниками либералов. В 1917 г. жандармский офицер полиции М.С. Комиссаров, давая показания Чрезвычайной следственной комиссии Временного правительства, высказался в том же духе, что и Трутков. В большинстве «интеллигентные люди, все… с университетским и юридическим образованием», подчеркивал он, придавали Особому отделу «необычный, своеобразный характер».
В 1904 и 1905 гг. на глазах у высокообразованных сотрудников Особого отдела либералы развернули широкую кампанию за сплочение всех слоев российского общества вокруг своей ясной и четкой программы: свободные выборы в Учредительное собрание и установление конституционной формы правления западного образца на основе уважения закона, всеобщее избирательное право, свобода совести и собраний, свобода печати. Начало было положено либералами, которые в 1902 г. основали «Союз освобождения», выступавший также за улучшение условий жизни рабочих и их семей.