Постановлением СМ № 685- 313 от 19.06.1959г. комплекс П-5 был принят на вооружение ВМФ.
Напряженная международная обстановка заставляла спешить и под комплекс П-5 началось срочное переоборудование торпедных ПЛ пр.613.
Технический проект 644 переоборудования подводных лодок пр.613 для вооружения их ракетами П-5 был разработан ЦКБ-18 на основании Постановления СМ от 25.08.1955 г.
Система управления стрельбой «Север-А644у» была разработана в НИИ-303 (главный конструктор С.Ф. Фармаковский).
Контейнеры для хранения и пуска ракет спарены в одном блоке и устанавливались на палубе надстройки, в корму от ограждения рубки. Проектом было предусмотрено направление стрельбы ракетами не в нос, а в корму. Такое решение имело определенные неудобства, поскольку ПЛ должна была для стрельбы ракетами лечь на обратный курс, но оно было вынужденным, так как в условиях проекта 613 невозможно было расположить контейнеры с ракетами в нос от ограждения рубки.
При подготовке к старту контейнерный блок поднимался на угол 15° при помощи гидроподъемника, действовавшего от корабельной системы гидравлики. С обоих торцов каждый контейнер закрывался крышками, имевшими резиновое уплотнение. Открытие и закрытие крышек осуществлялось с помощью гидравлических приводов. В стартовом положении контейнеры удерживались гидравлическими стопорами. Крылатые ракеты хранились в контейнерах полностью заправленными, с боевой частью и с пристыкованным стартовыми агрегатом. От передвижения внутри контейнера они удерживались устройством крепления по-походному, управляемым дистанционно изнутри лодки, и с задним раскреплением, которое снималось автоматически при старте.
Использование ракетного комплекса П-5 и ПЛ пр. 644 предусматривалось при волнении моря до 4- 5 баллов, при скорости ПЛ до 15 узлов и скорости ветра любого направления до 10 м/с. Старт крылатых ракет из контейнеров осуществлялся поочередно. При старте одной ракеты, вторая оставалась в контейнере с закрытыми крышками.
В апреле 1957 г. совместным решением ВМФ и МСП ЦКБ-112 было поручено разработать проект ПЛ с четырьмя ракетами П-5 в неподвижных контейнерах, установленных наклонно к палубе, под углом, равным стартовому. ЦКБ-112 разработало проект 665 переделки подводных лодок из пр.613. Ракеты П-5 размещались в четырех стационарных контейнерах, установленных симметрично диаметральной плоскости, с постоянным углом возвышения 14°, жестко скрепленных между собой и корпусом ПЛ. Контейнеры размещались в нос от прочной рубки в общем с ней ограждении. Стационарная установка контейнеров, исключавшая необходимость их подъема перед запуском крылатых ракет, по сравнению с подъемными оказалась более надежной в действии, имела меньший вес, сокращала время подготовки к старту, упрощала устройства для подвода кабелей и труб, обеспечивала более высокую точность установки контейнеров относительно корпуса ПЛ. Ступенчатое взаиморасположение контейнеров, реализованное впервые в практике подводного кораблестроения, сокращало расстояние между ними, упрощало конструкцию погрузочных устройств и позволяло разместить контейнеры с меньшим возвышением над прочным корпусом.
Стрельба при надводном положении ПЛ могла производиться одиночными ракетами и залпом по цели двумя или даже четырьмя ракетами при любых комбинациях последовательности их выхода из контейнеров.
По пр. 665 было переделано 6 подводных лодок (С-61, С-64, С- 142, С-152, С-155 и С-164).
Первыми дизельными ПЛ, специально спроектированными под крылатые ракеты, были лодки пр. 651.
Проектирование лодки пр. 651 было начато согласно Постановлениям СМ от 17 и 25 августа 1956 года. Технический проект лодки утвержден в январе 1959 года. Лодка должна была быть вооружена крылатыми ракетами для стрельбы по площадям П-5 и противокорабельными П-6.
Контейнеры для ракет были сблокированы попарно и расположены – один блок в нос и другой в корму от ограждения рубки.
Схема старта предусматривала аварийный сброс неисправных крылатых ракет за борт с помощью стартовых двигателей ракет. ПЛ имела возможность погрузиться на любом этапе подготовки ракет после закрытия крышек всех контейнеров или с открытыми крышками одного контейнера.
Стрельба ракетами могла производиться только в надводном положении, при поднятых и застопоренных контейнерах и открытых крышках, при скорости хода ПЛ до 8 узлов и состоянии моря до 4-х баллов. В таких же условиях мог производиться сброс аварийной ракеты.