Еще одна новинка: старт Р-15 должен производиться непосредственно из ракетной шахты («нижний старт») без выдвижения ракеты над крышей ограждения рубки, как это делалось в комплексах Д-1 и Д-2. Это накладывало определенные требования как на стартовую систему, так и на систему управления (СУ).
Получив задание правительства, М.К. Янгель сразу же, в 1956 г., начал организовывать кооперацию смежников, отличную от кооперации по ракетам Р-11ФМ и Р-13. Тем более что две «конкурирующие» темы (получившие наименования Д-2 и Д-3) зародились в одном и том же ОКБ-1 НИИ-88 и выполнялись в соответствии с правительственным постановлением о разработке Р-11ФМ со специальной головной частью (СГЧ).
Между тем в середине 1956 г. масса и габариты мощных зарядов намного уменьшились по сравнению с гигантским зарядом, изначально определившим солидные габариты Р-15 и ее шахты. Поэтому работы по этой ракете продолжились, так как при использовании меньшего заряда (примерно как на Р-13) на более крупной Р-15 можно было достичь вдвое большей дальности — 900- 1000 км.
Аппаратуру СУ ракеты разрабатывал коллектив Н.А. Семихатова, пусковую установку — ЦКБ-34 (главный конструктор Д. Е. Бриль), ЖРД создавался в ОКБ-3 НИИ-88 во главе с главным конструктором Д.Д. Севруком, специализировавшемся на ЖРД для ЗУР.
В соответствии с постановлением СМ СССР от 17 августа 1956 г. ОКБ-586 представило эскизный проект ракеты Р-15 к сентябрю 1957 г.
По проекту ОКБ-586 одноступенчатая ракета Р-15 работала на жидких компонентах топлива. Стартовая масса ракеты составляла 18,5 т, а со стартовыми двигателями — 21,5-22,0 т. Длина ракеты 15,1-15,5 м, диаметр средней части до 2,0 м. На Р-15 наддув бака окислителя осуществлялся парогазом, баков горючего — сжатым воздухом.
Приборы системы управления размещались в межбаковом отсеке. В системе управления был предусмотрен аварийный подрыв ракеты.
В хвостовой части Р-15 находился специальный отсек, представлявший собой коническую юбку максимальным диаметром 2,8 м. Подобная конструкция была вызвана необходимостью размещения оригинальной двигательной установки — пятикамерного ЖРД четыре поворотные камеры которого служили органами управления и стабилизации ракеты в полете.
Оригинально решалась проблема старта ракеты из шахты подводной лодки. Для реализации «нижнего старта» в передней части ракеты размещались твердотопливные стартовые двигатели, вытягивающие ракету из шахты до запуска основного ЖРД. При этом отпадала необходимость защиты ракеты от силового и теплового воздействия струи маршевого ЖРД, что было необходимо в случае его запуска в шахте подводной лодки. Ускоренный выход ракеты исключал возможность соударения с шахтой даже в условиях качки. Маршевый двигатель запускался на ракете, движущейся под стартовыми двигателями, при ее выходе на срез шахты. В литературе отмечалось, что стартовые двигатели усложняли комплекс и увеличивали загрузочную массу на 15 %.
На Р-15 предполагалось установить специальную головную часть.
Постановлением СМ СССР от 25 августа 1955 г. СКБ-143 поручалась разработка атомной ракетной подводной лодки проекта 639 водоизмещением 6000 т. Главным конструктором назначили В.П. Фуникова, а его заместителем (с 1956 г.) — Г.Н. Чернышева. Разработка лодки началась на год раньше, чем АПА проекта 658, рассчитанной под комплекс более близкой перспективы Д-2, первоначально предназначавшийся только для дизель-электрических подводных лодок. Получилось так, что будущий ракетный комплекс Д-3 был своего рода «журавлем в небе», а Д-2 — «синицей в руке».
Главный инженер бюро В.П. Фуников был талантливым конструктором. Ранее он был заместителем главного конструктора первого атомохода В.Н. Перегудова. Его работоспособность была удивительной. Очень жаль, что этот обаятельный человек погиб в нелепой железнодорожной катастрофе 30 июля 1958 г. под Ленинградом.
В то время СКБ-143 состояло из 11 производственных отделов и нескольких отдельных групп главных конструкторов в зависимости от количества проектов подводных лодок. Численность сотрудников достигала 450 человек.
Постановлением СМ от 17 августа 1956 г. СКБ-143 поручалось проектирование атомной подводной лодки проекта 639 под размещение трех баллистических ракет Р-15 (разрабатываемых в ОКБ-586) ракетного комплекса Д-3.
Как известно, корабли рождаются «по прототипу». Желание на первых порах сохранить архитектуру и прочный корпус атомной подводной лодки по типу проекта 627А определило стремление конструкторов к созданию корабля с высокими пропульсивными качествами и минимальной шириной корпуса. Однако, как показало эскизное проектирование, это не гарантировало лодке достаточной остойчивости: проблемы с обеспечением остойчивости подводной лодки доставляли столь крупногабаритные и тяжелые ракеты.