В конце концов, отец иод предлогом материальных затруднений изгнал Новалиса из дома, что позднее отразилось во вселенском одиночестве, которое ощущал поэт. Один из самых известных афоризмов Новалиса гласит: «Вся философия — это тоска по родине». Он перебрался в поместье своего дяди в Луклуме, где нашел библиотеку, которая выгодно отличалась от собрания религиозных трактатов, которыми он мог пользоваться в доме своего отца. В 1791 году Новалис отправился изучать юриспруденцию в Йену, где одним из его преподавателей был Шиллер, а в 1793 году он изучал математику, химию и философию в Виттенберге, где подружился с философами Фридрихом Шлегелем и Иоганном Готтлибом Фихте. Именно в это время он познакомился с Софией фон Кун, которой было двенадцать с половиной лет. София сыграла роль печальной Лолиты для Новалиса, который, правда, не очень похож на средневозрастного Гумберта Гумберта.
Новалис с первого взгляда был поражен красотой Софии, и пишут, что многие другие разделяли его восторг. Однако сложно не увидеть нечто болезненное в одержимости двадцатичетырехлетнего Новалиса девочкой, которая едва достигла возраста полового созревания, хотя он был не одинок в таком пристрастии: столь же романтичный и ещё более болезненный Эдгар Аллан По в возрасте двадцати шести лет женился на тринадца-тилетней Вирджинии Клемм.
Новалис держал в секрете свою помолвку с Софией, боясь, что его отец будет против их брака: в большей степени из-за скромного положения Софии, чем из-за разницы в возрасте. Но его отец был очарован девочкой, что было для него совершенно нехарактерно и что свидетельствует об обаянии Софии. Отец благословил их союз, но судьба была против Новалиса, и в ноябре 1795 года София серьезно заболела — у неё нашли опухоль печени. К весне 1796 года её состояние улучшилось, но к лету вновь наступило ухудшение, и пришлось делать операцию. Затем последовало ещё несколько операций, которые были безуспешными, и после длительной, мучительной борьбы в марте 1797 года, она умерла, не дожив до шестнадцати лет. Менее чем через месяц брат Новалиса, Эразмус, умер от чахотки — болезни, которая со временем убила самого Новалиса. Ранняя смерть, утрата и траур сильно повлияли на мировосприятие Новалиса. Хотя совершенно ясно, что любовь Новалиса к Софии была искренней, нельзя не задаться вопросом, что создало психологический фундамент его страстного увлечения. Как отмечает в своём исследовании Джон Нойбауер, письма Софии свидетельствуют о том, что она не была для Новалиса равным партнером по своему интеллектуальному уровню, также как не была для него подходящим сексуальным партнером. Друг Новалиса теолог Фридрих Шлимермахер говорил, что он не верит, что Новалис выбрал «свою возлюбленную правильно, или даже что он правильно её понимал; я почти уверен, что она не удовлетворила бы его, если бы осталась жива» [9]. У Новалиса была как минимум один роман до того, как он встретил Софию, а в свои университетские дни, когда он кутил с Фридрихом Шле-гелем, он более чем вероятно проявлял и сексуальную активность. Однако Новалис ощущал потребность подавлять свои сексуальные порывы. Эротические фантазии и мечты преследовали его, и он часто стремился к обществу сексуально непривлекательных женщин, чтобы подавить свои желания. Половой акт сам по себе отталкивал его; беседуя со своим братом о первом свидании с Софией, Новалис отметил, что его «нежные чувства» к ней растаяли с первыми «вульгарными знаками её благосклонности». Нельзя исключить, что мы видим слишком много в, возможно, безобидной влюбленности, но София во многих отношениях видится фигурой, олицетворяющей Sehnsucht в чистом виде: идеальная красавица, которая остается, по крайней мере в настоящий момент, неприкосновенной. Между сексуальной фантазией и реальным сексом она мерцает, как многообещающая заря. Со смертью Софии ее недостижимость стала окончательной и неизменной, и только тогда Новалис позволил себе переплавить её образ в символ мистического союза — выражение эротической духовности, общей для алхимических, герметических и кабалистических традиций, в следовании которым Новалис нашел себя.
Всё творчество Новалиса насыщено пифагорейскими, герметическими темами, основной из которых является идея союза с божеством. Подобно Сведенборгу, Блейку и многим другим Новалис считал внешний, физический мир символом более глубокой, духовной реальности. После смерти Софии Новалис увидел в своей целомудренной любви к ней средство прорыва через внешнюю оболочку и проникновения в сверкающий источник. Эта перемена, согласно его рассказу, произошла 13 мая 1797 года, когда Новалис испытал мистические ощущения, созерцая могилу Софии. Он записал в своём дневнике: «Я почувствовал неописуемое счастье — мгновения сверкающего восторга — я стряхнул могилу прочь как пыль — её присутствие было осязаемым — я верил, что она может появиться в любую минуту».