Юстиниан не смог – или не пожелал – прислать людей и денег в достаточном количестве, и Бадуила осадил Рим. В отличие от Витигеса он сумел перекрыть все дороги и даже устроил заграждение на Тибре. В городе довольно скоро начался голод, но готы не делали попыток штурма, предоставляя голоду сделать за них всю работу. Правитель Рима Бессас просил помощи у всех; ему были направлены суда с зерном с Сицилии, но Бадуила захватил их все. Тогда Велизарий, собрав всех людей, которых смог, подошел к Портусу, что в устье Тибра, желая пробиться в Рим через речное заграждение Бадуилы и провести по реке свои корабли. Он оставил жену, все запасы и резервы в Портусе и поплыл вверх по реке. Ему удалось после ожесточенной схватки сжечь башни, которые охраняли заграждение. Однако в момент успеха ему сообщили, что готы напали на Портус с тыла, а значит, его супруга и весь лагерь в опасности. Велизарий вернулся, выяснил, что на лагерь по большому счету никто не нападал – речь шла лишь о незначительной стычке, которую многократно преувеличил заведовавший лагерем офицер, но уже ничего не мог сделать. Шанс уничтожить заграждение был упущен. Острое разочарование – или малярия, которую он подхватил на заболоченной местности, – уложило его в постель, и еще до того, как он выздоровел, Рим пал. Изголодавшийся гарнизон открыл ворота Асинария (Ослиные ворота) и впустил готов. Осада продолжалась тринадцать месяцев 545–546 годов. В падении города виноват, прежде всего, его правитель Бессас, который скупо выдавал запасы солдатам и населению и тайно продавал их по заоблачным ценам самым богатым горожанам. Войска голодали, а в подвалах правителя впоследствии нашли большое количество продовольствия.
Бадуила позволил своим людям поживиться в городе, но строго-настрого запретил убийства и насилие. По признанию его врагов, только двадцать шесть римлян лишились жизни, хотя в город ворвалось 20 000 уставших от войны воинов, жаждавших мести и наживы. Король превратил церкви в убежища, и всем, кто в них собрался, не причинили никакого вреда.
Бадуила считал Рим главным логовом врагов, местом, где живут безбожники, западней для готов. Он решил не делать его своей столицей и даже не оставлять в нем гарнизон, а опустошить его. Людей выгнали, ворота сожгли, в стене Аврелиана проделали гигантские бреши. Потом он обратился с речью к воинам, призвал их помнить, как в дни Витигеса 7000 солдат империи лишили власти, свободы и сокровищ 100 000 богатых и хорошо вооруженных готов. А теперь, когда готы бедны, их мало, и они устали от войны, им удалось нанести поражение 20 000 греков. Мораль такова: в прежние дни они разгневали Бога своей гордыней и распущенностью. Теперь, униженные и чистые духом, они победили. На будущее они должны накрепко запомнить это, если хотят, чтобы Бог был с ними. Если же они вернутся к прежним привычкам, Господь их покарает.
После этого Бадуила ушел вместе со своей армией, оставив Рим пустым. В городе не было ни души. Сорок дней город был во власти волков и сов, когда наконец туда пришел из Портуса Велизарий со своей маленькой армией. Бреши в стене были заделаны, так же как дыры, оставшиеся после сожжения ворот, и римляне приготовились к очередной осаде. Готы не снесли стены, и потому довольно скоро, трудами Велизария, город был снова готов к нападению. Взбешенный Бадуила поспешно вернулся, но быстро уяснил, что римляне хорошо поработали и штурмом город не взять. Он увел армию в центр Италии, однако оставил отряд в Тиволи, которому поручил наблюдение.
Два года Велизарий и Бадуила периодически вели боевые действия в разных частях полуострова, но готов было больше. Бадуила, конечно, периодически терпел неудачи, но в целом сохранял преимущество. Велизарий, как Ганнибал в последние годы своего пребывания в Италии, перелетал с места на место в поисках возможностей нанести удар, но редко их находил. Юстиниан, хотя персидская война уже закончилась, не посылал адекватных подкреплений. Казалось, его вполне устраивало то, что его военачальник удерживает только Рим и Равенну. В 548 году наконец был отозван. Он понимал, что ничего больше не сможет сделать с теми ресурсами, которые были в его распоряжении. Юстиниан принял его благосклонно, назначил военным магистром и главой императорской гвардии и предложил жить в мире в Константинополе.