В ситуации развивающегося в 90-е гг. ХХ в. экономического кризиса региональная элита в значительной мере тоже была заинтересована в дистанциировании от Центра. Нередко руководители регионов сами возглавляли колонны трудящихся (в дни Всероссийских акций протеста) против социально-экономической политики президента и правительства. Начиная с 2000 осуществляется федеративная реформа, которая поэтапно формирует юридическую базу для ограничения политической самостоятельности региональных лидеров. Федеративная реформа — это название стало общим для пакета мер по упорядочиванию отношений Центра и периферии. Ключевыми в реформе являются: восстановление «единой вертикали власти» (получение Центром рычагов административного воздействия на губернаторов вплоть до смещение их с должности); воссоздание единого правового поля страны (кампания по приведению региональных законодательств в соответствие с федеральным) силами Генеральной прокуратуры и Администрации президента; разграничение полномочий и предметов ведения между Центром и регионами. Восстановление единого экономического пространства страны, увеличение доли региональных бюджетов в консолидированном бюджете страны.
Для решения данных задач принят ряд законов, произведена нарезка страны на семь федеральных округов, создан принципиально новый государственный институт — корпус полномочных представлений президента в федеральных округах — и реформирована система представительства региональных элит в федеральном Центре. Губернаторы постепенно начали удаляться из Совета Федерации, переходя в сугубо консультативный орган — Государственный Совет при президенте.
В решении реформы федеративного устройства Центр вступил в политический торг с губернаторами, обставляя свою поддержку на выборах или невмешательство в них рядом выгодных ему условий. А там, где переговоры затруднены, Кремль вполне отчетливо намекает на возможность подключения федерального административного ресурса. В итоге губернатор получает вожделенное переизбрание, а Центр — дополнительные рычаги воздействия на него. Таким образом, осознавая силу губернаторских режимов и не желая ввязываться в войну без четких гарантий успеха, Центр избрал договорную модель отношений с регионами. Наконец, одним из аспектов федеральной реформы является смена системы представительства в Совете Федерации. Руководители исполнительной и законодательной ветвей власти уступили кресла в Совете Федерации своим назначенцам. Ими стали представители второго-третьего эшелона федеральной элиты.
Неизбежна политизация и расширение поля деятельности различных лоббистских групп. Незначительный политический вес новых сенаторов и отсутствие ответственности перед избирателями резко повышают «договороспособность» Совета Федерации. В этой связи возможна большая или меньшая автономия новых членов Совета Федерации от их региональных руководителей. Несмотря на прописанную процедуру отзыва назначенцев, губернаторы ею не пользуются. В то же время Государственный Совет РФ, являющийся своеобразной заменой Совета Федерации для губернаторов, пока не имеет ясных властных перспектив. Главная причина этого — отсутствие положений о нем в российской Конституции.
В Федеративной реформе заложена законодательная база для перераспределения важнейших властных полномочий в пользу федерального Центра. В первую очередь, губернаторы оказались «встроены» в единую вертикаль власти, став подотчетным президенту. Верховная власть получила возможность снимать глав администрации (губернаторов). Центром была инициирована массовая кампания по приведению регионального законодательства в соответствии с федеральным. Противоречившее федеральному местное законодательство служило базой политической и экономической независимости: «суверенитета» отдельных субъектов Российской Федерации и «автономии» их руководителей.
Серьезные расхождения с общероссийскими нормами по-прежнему наблюдаются не только в законодательствах традиционно самостоятельных национальных республик, но и в сводах законов ряда областей. Для нормального функционирования федеративного государства нужна как взаимосвязанная и согласованная система законодательства, так и гармоничные отношения между федеральным Центром и регионами.
Поскольку до сих пор на повестке дня стоит очень важная проблема — преодоление чрезмерного экономического неравенства регионов.