В связи с высокой социальной значимостью здравоохранение может быть реализовано только как «силовая» принудительная система, т. е. институциональными способами. Причем такое решение обусловлено тем, что массовые мероприятия по профилактике защиты населения не могут быть достаточно просто и понятно объяснены каждому человеку и добровольно приняты им, поэтому они осуществляются как бесплатные и принудительные. Разумная логика не может быть реализована в связи с ограниченным сроком реализации профилактических мероприятий и объективно недостаточным уровнем развития общественного сознания. Соответственно, экономика здравоохранения строится в двух направлениях: с одной стороны, финансирование исторически сложившейся установленной системы обязательной вакцинации населения, а с другой – выделение средств для борьбы с возможными возникающими пандемиями. Первая часть финансовых средств определяется расчетным путем на основании прогноза демографической ситуации в стране. В связи с тем, что источники (очаги возникновения), время проявления, скорость и направления распространения массовых эпидемиологических заболеваний не могут быть заранее спрогнозированы, вторая часть средств для текущей актуальной профилактики и борьбы с возникающими эпидемиями предусматривается в форме страховых резервных фондов. Расходование страховых фондов системы здравоохранения, а в случае необходимости и общих резервных фондов государства осуществляется не с позиции экономической эффективности, а исходя из реально складывающейся социальной ситуации на основе политической воли первых лиц государственной власти. Экономика отрасли медицины, основным назначением которой является лечение различных заболеваний, осуществляется несколько иначе, чем здравоохранение. С одной стороны, организационно стационарное оказание медицинских услуг строится автономно, применительно к местам компактного проживания людей в урбанизированных и сельских поселениях. Причем не во всех, а только в тех поселениях, где затраты на содержание стационарных медицинских организаций экономически целесообразны с социально-экономической точки зрения, т. е. где численность населения достаточна для организации нормального экономически целесообразного функционирования медицинского учреждения. Поэтому экономика медицинской отрасли для урбанизированных поселений решается автономно в рамках этих поселений, а для сельских населенных пунктов, соответственно, как экономика региональная в крупных сельских поселениях. Причем экономика медицины урбанизированных поселений и региональных образований строится в пределах тех средств социальных фондов, которые централизованно выделяются медицинским организациям, согласно установленным социальным нормативам. Таким образом, экономика медицинской отрасли в региональных образованиях и урбанизированных поселениях практически реализует социально-экономическую политику государства.
В то же время ликвидация различных очагов инфекционных заболеваний, последствий, связанных с техногенными катастрофами и стихийными бедствиями, решается в медицине с системных отраслевых позиций, когда привлекаются не только централизованные отраслевые финансовые и материально-технические ресурсы, но и персонал специализированных медицинских учреждений урбанизированных поселений, непосредственно не относящихся к очагу пандемии. Кроме того, с системных отраслевых позиций централизованно решаются вопросы финансирования деятельности научно-исследовательских работ в медицине (содержание институтов академии медицинских наук, научно-исследовательских институтов), клинических и экспериментальных работ, лечения технологически сложных заболеваний, врожденных пороков, имеющих достаточно распространенный массовый характер (на основе создания специализированных клиник, медицинских центров по пересадке органов, костного мозга, стволовых клеток и т. п.). Централизованное финансирование этих направлений деятельности в медицине объективно обусловлено, с одной стороны, социальной экономической целесообразностью, а с другой – объективно ограниченным кадровым обеспечением подобных работ высококвалифицированными специалистами.