Пятнадцатилетняя русско-польская война истощила государственную казну и московское правительство попыталось улучшить экономическое положение в стране. Проект окольничего Ф. Ртищева предусматривал увеличение ценности ходивших в Москве монет. Ртищев предложил чеканить медные деньги одинаковой формы и величины с серебряными и вводить их в оборот по одной цене с ними. Поначалу это принесло значительную выгоду казне, но все закончилось Медным бунтом 1662 года. В восстании как в капле воды отразилось основное противоречие московской политической жизни — правильная идея, которая несла благополучие и процветание государству и народу, с помощью бюрократии и ближнего окружения правителя быстро превращалась в свой антипод.
Власти сразу выпустили огромное количество медных монет, что содействовало началу их обесценивания. Боярин и тесть царя И. Милославский из своей меди также чеканил новые деньги, от него не отставали и другие исполнители. За взятки они позволяли чеканить монеты всем желающим. Посадские тайно также начали подделывать деньги. Медные монеты не стали стоить ничего, и множество москвичей в июле 1662 года пошли к царю в Коломенское «просить управы на бояр». Милославского, конечно, никто не наказал, а бунд подавили войска. Медные деньги, правда, пришлось отменить, но генеральная репетиция бунта Стеньки Разина была проведена.
Иностранные послы и разведчики докладывали своему руководству, что «у государя нет умных и понимающих что-нибудь советников». В народе распространялись послания, что «всему великому мздоимству в стране Москва корень». К тому времени об Алексее Михайловиче писали, что он так проникся властностью, что «неповиновение раздражало его настолько, что не оставалось места никакому терпению». Сам царь часто говорил, что «таково наше житие — вчерась здорово, а ныне мертвы».
На очень религиозного Алексея Михайловича большое впечатление произвела смерть патриарха Иосифа. Многие люди, при жизни патриарха искавшие его милостей, даже не стали отпевать главу церкви, что было положено им «по чину». Патриаршие слуги просто разъехались по домам. Возможно, именно поэтому на патриарший престол был выдвинут незнатный Никита Минин, ставший патриархом Никоном. Воинственный ревнитель православия не смог унять свои вселенские амбиции и его деятельность, чуть не разрушившая церковь, привела к Расколу.
Реформирование церкви и церковной жизни после ужасающей Смуты стало одной из главных государственных задач. Царем и патриархом была принята программа реформ — устные проповеди, устройство странноприимных домов, приютов для сирот, закрытие кабаков, исправление обрядов и богослужебных книг. Патриарх Никон изменил суть церковной реформы, попытавшись сделать из нее средство для возвышения церковной власти в стране. Никон хотел уравнять власть патриарха с властью царской. «Церковь не стены каменные, но каноны и пастыри духовные» — говорил Никон. Начав с нравственного очищения государственной и общественной жизни, патриарх стал подчинять русский церковный обряд греческому.
В русском обществе давно считали, что после падения Константинополя в 1453 году именно Москва стала первым православным центром, сохраняющим чистоту веры. Не все русские люди приняли то, что Никон пригласил в Москву многих греческих священников, занявшихся церковными исправлениями. Поправки Никона к московским церковным обрядам ревнители старины называли еретическими. Никон же называл ересями старые русские обряды. При этом спора о догматах веры не было.
В 1658 году патриарх Никон, посмевший сравниться с царем, был удален с престола. Партия противников Никона быстро увеличивалась, в церкви начался раскол. Открытый бунт в Соловецком монастыре царским воеводам удалось подавить только в 1676 году. Учителя-раскольники распространяют свои послания по всему государству. Церковный собор 1666 года в Москве официально осудил раскол и пригрозил анафемой всем, кто ослушается его постановлений. Все раскольники были поставлены в положение еретиков. Эта анафема не уничтожила церковную смуту, а только усилила ее. С 1667 года количество раскольников значительно увеличилось.