Медленный и тяжелый процесс перестройки политической и административной системы российской государственности начался в 1698 году и продолжался до конца царствования Петра. Только к 1725 году все новые элементы власти и управления сложились в одно целое и созданное императором государство получило название регулярного. Из задуманного Петр Великий успел осуществить меньше, чем хотел, но даже то, что он сделал, стало называться Российской империей. Масштабы и глубина его преобразований были таковы, что они стали необратимы и вернуться к допетровской России было уже невозможно.
Венцом преобразований Петра Великого стало создание стройной системы власти и управления в России: император с его кабинетом — Сенат — коллегий губернии — провинции — уезды. Эту систему контролировали прокуратура и фиксальная служба, поддерживаемые Преображенским приказом, Тайной канцелярией и Высшим судом. Система создавалась четверть века, с огромным трудом подбирались руководители, но система власти Петра позволила просуществовать Российской империи почти два столетия.
Петр изменил все — высшую власть, местное и отраслевое управление. Он реформировал существующее, ликвидировал старое, создавал и совершенствовал новое. Все преобразования Петра закреплялись указами, уставами, регламентами. Все важнейшие документы Петр писал или диктовал сам, многократно их переделывал.
Первые же годы правления Петра показали, что Боярская Дума, приказы, воеводы не в состоянии справиться с масштабами деятельности царя-реформатора. В 1698 году при аморфной думе, давно потерявшей свое прежнее значение, была создана Ближняя канцелярия. В отличие от Боярской Думы новый орган имел четкие задачи и распределение обязанностей, ответственность, режим работы, строго установленные формы делопроизводства. Ежемесячно в Ближнюю канцелярию поступали финансовые отчеты всех приказов, на основании которых составлялись годовые балансовые ведомости.
В Ближней канцелярии начали проходить думские заседания, в которых участвовали руководители приказов. С 1708 года эти постоянные заседания стали именоваться Консилией министров. При частых отъездах царя государством по именным царским указам управляла Консилия.
В октябре 1704 года была создана личная канцелярия царя — Кабинет Петра I. Кроме проблем управления страной, кабинет ведал царской казной, имуществом, личной перепиской.
Заседания Боярской Думы в начале XVIII века проходили редко. Боярам, замкнутой элитной группе, с древнейших времен были присущи определенная психология, отношение к реформам. С начала Северной войны царь постоянно отсутствовал в Москве, доверяя управление только избранным боярам, на которых мог положиться. Петр не стал ликвидировать ни саму думу, ни боярский чин. Он просто перестал давать боярство, которое не передавалось по наследству. Боярская Дума вымирала. В 1701 году из 53 членов Боярской Думы бояр было 35. В 1713 году из 29 думцев 17 были боярами — князья Долгорукие, Прозоровские, Чаркасский, Троекуров, Хованский, Ромодановский, Урусов, Стрешнев, Милославский, Шереметев, Львов, Юшков, Голицын, Салтыков, Лопухин, Татищев, Головин, Трубецкой, Мусин-Пушкин. Многие бояре стали соратниками Петра, но было и противодействие аристократии. Английский разведчик докладывал в Лондон: «Царь имеет очень ленивых и из-под палки действующих слуг. Можно сказать с достоверностью, что если нынешний царь умрет прежде, чем большая часть его старых бояр отправится на тот свет, то большая часть всего того, чем он пытался преобразовать страну, вернется в прежнюю старую форму. Большинство бояр, бывших прежде в великих чинах, должностях и милостях, в знатном почете, очень хорошо знает, что теперь у него меньше стало и значения, и почета, и чинов, да и всего состояния».
Петр повышал людей не по знатности, а по заслугам. К концу его царствования две трети его ближайших соратников и высшего руководства страны тем не менее принадлежало аристократам. Петру нужны были высокопрофессиональные и эффективно работающие сотрудники, способные проводить в жизнь его решения.
Петр настаивал, чтобы Консилия в его отсутствие принимала решение самостоятельно и не посылала к нему гонцов по мелким делам. В 1707 году он установил порядок ответственности членов Консилии, обязал их вести протоколы заседаний. Их должны были подписывать все министры — «и без того никакого бы дела не определяли, ибо этим дурость всякого явлена будет».