Стоит отметить, что симпатии Тэтчер режиму апартеида — это миф, выдуманный недоброжелателями. Да, в противоположность большинству стран Содружества Маргарет поначалу выступала против санкций по отношению к Южно-Африканской Республике. Она хотела сохранить торговые связи с ЮАР, считая их важными для британской экономики в условиях кризиса, но, как читатель помнит, примерно в тот же период премьер не поддержала и санкций в отношении СССР как ответ на его агрессию в Афганистане, однако в симпатии к Советскому Союзу ее сложно обвинить. Тэтчер пыталась убедить южноафриканское руководство отказаться от политики апартеида и предоставить равные права небелому населению страны, составлявшему четыре пятых ее жителей. Апартеид, «раздельное развитие рас», как система полностью противоречил всей меритократической идеологии Тэтчер. Она заявила в 1985 году: «Я бы не вынесла дискриминации в отношении себя из-за цвета моей кожи. А если вы не согласны с дискриминацией по цвету кожи в отношении себя, вы не можете согласиться с нею в отношении других». По поводу ЮАР она последовательно придерживалась трех требований: режим обязан освободить заключенного с начала 1960-х годов лидера Африканского национального конгресса (АНК) Нельсона Манделу, отменить законы апартеида, ущемляющие небелое население, и начать переговоры о полностью демократической конституции.
В 1984 году Тэтчер пригласила президента ЮАР Питера Боту посетить Лондон с визитом, который состоялся под аккомпанемент демонстраций протеста против режима апартеида и его якобы поддержки правительством Тэтчер. При личных встречах Маргарет Тэтчер, которая терпеть не могла Боту из-за того, что тот во время Второй мировой войны поддерживал Германию, твердо заявила ему, что «апартеид должен быть демонтирован, Мандела и другие узники освобождены». Премьер-министр также отвергла требование Боты закрыть представительство АНК в Лондоне. Когда в марте 1989 года южноафриканские спецслужбы убили в Париже представителя АНК, британский посол в Претории предупредил Боту, что попытка осуществить подобный террористический акт в Лондоне будет жестоко наказана. Когда южноафриканский посол доставил Маргарет Тэтчер послание Боты, отвергающее ее настоятельные требования реформ, премьер в крайне резком тоне ответила послу: «…апартеид должен исчезнуть. Если у народа есть законные ожидания, о них нужно начинать переговоры».
Тэтчер в 1987 году назвала АНК «типичной террористической организацией», но когда южноафриканский журналист спросил ее, в чем она видит разницу между АНК и ИРА, Тэтчер ответила: «У ИРА есть возможность участвовать в выборах, у АНК такой возможности нет».
Когда стало ясно, что Боту вскоре сменит на посту президента Фредерик де Клерк, Тэтчер пригласила его в официальную загородную резиденцию Чекерс и изложила свои обычные требования. Когда де Клерк стал президентом, то накануне исторической речи 2 февраля 1990 года, в которой он объявил о снятии запрета с АНК и освобождении Манделы, он позвонил британскому послу со словами: «Передайте премьер-министру, что она не будет разочарована». Позже он сказал, что Тэтчер имела большее влияние на происходящее в Южной Африке, чем любой другой политик. Так произошло не в последнюю очередь потому, что она оставила открытой возможность диалога с южноафриканским руководством. Нельсон Мандела, выйдя на свободу, сказал о ней: «Она враг апартеида. Мы ей благодарны за многое».
Тем временем внутри страны правительство Тэтчер стало наталкиваться на новые и новые трудности. Очень часто они были результатом решений, принятых самим правительством, причем нередко — продавленных премьер-министром против мнения многих ее коллег.
Общественный сбор, введенный правительством Тэтчер в 1989 году, должен был заменить местные налоги на недвижимость. Проект был разработан еще в 1986 году Кеннетом Бейкером и Уильямом Уолдгрэйвом и встретил горячую поддержку премьер-министра. Предполагалось вначале ввести его постепенно, отдельными стадиями, но когда на конференции Консервативной партии планы о введении общественного сбора встретили самое бурное одобрение, было принято решение об одномоментном вводе нового налога. Это оказалось огромной ошибкой.