Закрытие Тиранского пролива было расценено израильским правительством как акт войны. Стремясь избежать нового международного кризиса, американцы призывали Израиль избегать конфликта и безуспешно давили на Советский Союз, чтобы заставить Насера вновь открыть проливы. Однако неспособность найти решение заставила Джонсона согласиться с идеей нападения на Египет.103 Израиль атаковал, с разрушительным эффектом, 5 июня, в частности, быстро уничтожив египетские ВВС в ходе внезапной атаки. Насер ошибочно утверждал, что в нападении принимали участие США. Это уничтожение помогло обеспечить быструю победу израильских войск в секторе Газа и на Синайском полуострове. Насер обратился за помощью к Советам и другим арабским государствам. Иордания предоставила последнюю, что привело к быстрому захвату Израилем Восточного Иерусалима и соседнего Западного берега реки Иордан, части Палестины, приобретенной/завоеванной (выбор слова может быть спорным) Иорданией в ходе арабо-израильской войны 1948-9 годов, войны за раздел Палестины. В ответ на советские рекомендации сирийцы отказались оказывать помощь Египту, но обстреляли израильские позиции. 9 июня, когда Египет и Иордания потерпели поражение, Израиль атаковал. Израильское правительство стремилось воспользоваться возможностью занять Голанские высоты, с которых можно было бы угрожать Израилю и получать воду, а также, возможно, заставить сменить сирийское правительство. Захватив инициативу и используя превосходство в воздухе для наземных атак, израильтяне, пользуясь превосходством в качестве боевых действий и падением морального духа сирийцев, продвинулись до сорока миль от столицы, Дамаска.
Угрожая вмешаться, Советский Союз начал подготовку к этому. Джонсон ответил как примирением, так и балансированием на грани войны. Израилю было предложено принять санкционированное ООН прекращение огня, а чтобы предотвратить возможность советского нападения на Израиль, в зону военных действий был направлен американский Шестой флот. И Израиль, и Советский Союз отступили, причем Израиль согласился на прекращение огня. Израиль остался с внушительными завоеваниями: Синай, сектор Газа, Восточный Иерусалим, Западный берег (Иордания к западу от реки Иордан) и Голанские высоты; в то время как Насер и дело панарабизма были значительно ослаблены. Однако возможность того, что региональный кризис будет и дальше угрожать отношениям сверхдержав, сохранялась. Джонсон быстро предложил мирный план, включавший вывод израильских войск и обязательство арабских стран заключить мирный договор и, следовательно, признать Израиль. Этот план стал основой для резолюции Совета Безопасности ООН 242; но ее выполнение оказалось невозможным не в последнюю очередь из-за продолжающегося нежелания Насера признать Израиль. Советская готовность перевооружить Египет и Сирию, предоставив им более совершенное оружие и советников, способствовала продолжению кризиса. Во время быстрой поездки в Каир сразу после войны Алексей Косыгин, советский премьер-министр, заявил, что Шестидневная война была американским нападением на советских союзников. Он утверждал, что американский империализм и его агент, Израиль, намерены отбросить назад арабские прогрессивные силы и их сторонника, Советский Союз, и сохранить - или даже усилить - контроль Запада ("империализм") в регионе. Косыгин пообещал пополнить запасы. Напряженность также усилилась из-за участившихся нападений ООП на израильские позиции. В целом ООП играла важную роль в продвижении освободительных движений, которые, в свою очередь, предоставляли Советскому Союзу и Китаю средства для расширения своего влияния. Воздушные бои и артиллерийские обстрелы между Египтом и Израилем в "войне на истощение" с конца 1967 года указывали на возможность ухудшения ситуации. Более того, быстрое наращивание советского военно-морского флота ставило под сомнение американские позиции в Средиземноморье, и не в последнюю очередь потому, что американский флот был перегружен обязательствами во Вьетнаме. В 1968 году, в ответ на просьбы Израиля, США решили отправить ему реактивные самолеты Phantom F4, обеспечив тем самым передовой потенциал. В ответ Советы направили в Египет подразделения ВВС и ПВО, хотя они также были призваны улучшить советские возможности по наблюдению за американским Шестым флотом в Средиземноморье.
Восточная Европа