Аналогичным образом, когда арабские страны пытались поднять вопрос о незаявленном ядерном арсенале Израиля в Международном агентстве по атомной энергии, Вашингтон вмешивался, чтобы не дать организации включить этот вопрос в свою повестку дня. Как заявил представитель министерства иностранных дел Израиля Джонатан Пелед в 2003 году еврейской газете Forward, "арабы делают это каждый год, но для того, чтобы провести всеобъемлющие дебаты и достичь консенсуса по резолюции против Израиля, необходимо согласие совета управляющих [МАГАТЭ], а его у вас нет" из-за влияния Вашингтона на совет.92 Готовность Америки встать на сторону Израиля в дипломатии и войне значительно возросла с течением времени. В 1950-е годы, как уже отмечалось, администрация Эйзенхауэра заставила Израиль уйти с территории, захваченной им в ходе Суэцкой войны, и успешно пресекла односторонние попытки Израиля отвести ключевые водные ресурсы. Однако с начала 1960-х годов Соединенные Штаты стали более активно защищать интересы Израиля во время крупных столкновений и на последующих переговорах. Вашингтон не дал Иерусалиму всего, чего он хотел, но поддержка США была последовательной и значительной.
Когда эскалация столкновений между Израилем и Сирией в 1966-67 годах привела к тому, что президент Египта Гамаль Абдель Насер в мае приказал войскам вернуться на Синай, встревожив лидеров Израиля и повысив опасность более масштабной войны, администрация Джонсона все же была убеждена, что Израиль в военном отношении превосходит своих арабских противников и преувеличивает опасность арабского нападения.93 Генерал Эрл Уилер, председатель Объединенного комитета начальников штабов, сообщил Джонсону: "По нашим лучшим оценкам, если война начнется, израильтяне выиграют ее за пять-семь дней", а сам Джонсон сказал министру иностранных дел Израиля Аббе Эбану, что если Египет нападет, "вы выпорете их к чертям собачьим".94 Ключевые израильские лидеры в частном порядке согласились с этой оценкой, но продолжали посылать в Вашингтон тревожные сообщения в рамках целенаправленной кампании, призванной вызвать сочувствие и поддержку.95
Основываясь на своих собственных оценках, Соединенные Штаты пытались предотвратить начало войны, убеждая израильское правительство воздержаться от применения силы и искать дипломатическое решение.96 Президент Джонсон назвал решение Египта закрыть Тиранский пролив для израильского судоходства 26 мая "незаконным" и с пониманием отнесся к озабоченности Израиля, но он не хотел вводить американские войска в связи с участием США во Вьетнаме и отказался дать полное обещание прийти на помощь Израилю. Однако его усилия по сдерживанию Израиля постепенно смягчались, и к первой неделе июня Джонсон и несколько его советников намекали израильским чиновникам, что Соединенные Штаты не будут возражать, если Израиль начнет действовать, предупреждая, что им не следует ожидать помощи США, если дела пойдут плохо. Государственный секретарь Дин Раск сказал журналисту: "Я не думаю, что наше дело - сдерживать кого-либо", а Майкл Бречер сообщает, что к 3 июня "у израильтян сложилось впечатление, что, если Израиль возьмет на себя инициативу... Соединенные Штаты не займут недружественную позицию". По сути, Джонсон дал израильтянам то, что один из экспертов позже назвал "желтым светом" для нападения.97 Причины изменения позиции Джонсона остаются неясными, хотя давление со стороны нескольких произраильских друзей и советников, кампания по написанию писем, организованная израильским посольством, и растущее ощущение того, что Израиль все равно нанесет удар, возможно, сыграли свою роль.98
Соединенные Штаты не оказывали существенного давления на Израиль, чтобы заставить его прекратить боевые действия, пока он не вышел победителем, и не критиковали действия Израиля после войны. Более того, когда Советский Союз пригрозил вмешаться после оккупации Израилем Голанских высот (что угрожало Сирии, союзнику Советов), президент приказал Шестому флоту США переместиться ближе к Израилю, чтобы сдержать советское вмешательство. В отличие от Суэцкой войны 1956 года, администрация Джонсона дала понять, что американцы не будут настаивать на выводе израильских войск, кроме как в контексте более широкого мирного соглашения.99 Соединенные Штаты также не настаивали на полном и всестороннем расследовании трагического нападения израильских военно-морских и военно-воздушных сил на разведывательный корабль USS Liberty 8 июня - события, происхождение которого до сих пор оспаривается.100 Возможно, Соединенные Штаты и не предоставили Израилю дипломатическую и военную защиту, которой он изначально добивался в начале кризиса, но не было никаких сомнений в том, где находятся американские симпатии.