Комиссия 9/11 подтвердила, что бин Ладен и другие ключевые члены "Аль-Каиды" были мотивированы как поведением Израиля в отношении палестинцев, так и поддержкой Израиля со стороны США. В справочном исследовании, подготовленном сотрудниками комиссии, отмечается, что бин Ладен пытался перенести дату теракта на осень 2000 года, после провокационного визита лидера израильской оппозиционной партии Ариэля Шарона (в сопровождении сотен израильских полицейских) на Храмовую гору в Иерусалиме, где находится мечеть Аль-Акса, одно из трех святейших мест в исламе. Согласно заявлению сотрудников, "хотя бен Ладен признавал, что [Мохамед] Атта и другие пилоты только прибыли в США, чтобы начать летную подготовку, лидер "Аль-Каиды" хотел наказать Соединенные Штаты за поддержку Израиля".66 В следующем году, "когда бин Ладен узнал из средств массовой информации, что Шарон посетит Белый дом в июне или июле 2001 года, он вновь попытался ускорить операцию".67 Помимо того, что бин Ладен определил время проведения терактов 11 сентября, его гнев на Соединенные Штаты за поддержку Израиля повлиял на выбор целей. Во время первой встречи Атты, руководителя миссии, и бин Ладена в конце 1999 года первоначальные планы предусматривали нанесение удара по Капитолию США, поскольку он был "предполагаемым источником американской политики в поддержку Израиля".68 Короче говоря, бин Ладен и его помощники явно считают вопрос Палестины центральным в своей повестке дня.
Комиссия 9/11 также отмечает, что Халид Шейх Мохаммед, которого она назвала "главным архитектором терактов 9/11", был в первую очередь мотивирован палестинской проблемой. По словам комиссии, "по его собственному признанию, враждебность КСМ к Соединенным Штатам проистекала не из его студенческого опыта, а скорее из его яростного несогласия с американской внешней политикой, благоприятствующей Израилю".69 Трудно представить себе более убедительное доказательство того, что поддержка Израиля со стороны США сыграла роль в инспирировании терактов 11 сентября.
Даже если бы сам бен Ладен не был лично вовлечен в палестинскую проблему , она все равно стала бы для него эффективным инструментом вербовки. Арабский и исламский гнев заметно вырос после окончания холодной войны и особенно после начала Второй интифады в 2000 году, отчасти потому, что уровень насилия, направленного против палестинцев, был значительно выше и более заметен.70 Первая интифада (1987-92 гг.) была гораздо менее жестокой, а в годы Осло (1993-2000 гг.) на оккупированных территориях царило относительное спокойствие. Развитие Интернета и появление альтернативных СМИ, таких как "Аль-Джазира", позволяют круглосуточно освещать кровавые расправы. Израиль не только совершает все больше насилия над своими палестинскими подданными, но арабы и мусульмане всего мира могут видеть это своими глазами. И они также видят, что это делается с помощью оружия американского производства и с молчаливого согласия США. Эта ситуация дает мощный боеприпас для критиков Америки, вот почему заместитель лидера "Хезболлы" шейх Наим Кассем заявил ливанской толпе в декабре 2006 года: "В Ливане больше нет политического места для Америки. Разве вы не помните, что оружие, из которого стреляли по Ливану, было американским?"71