Далее, добавив 23 мая 1919 года к своему резюме портфель военного министра, полковник Лебедев в июне-июле руководил полной реорганизацией оставшихся сил русской армии Колчака в Восточный фронт белых. Затем, под Челябинском в июле, он попытался устроить ловушку для красных, но клещи его нескоординированной контратаки не встретились, и беспорядочное отступление возобновилось. После этого фиаско, которое было вдвойне неприятным, поскольку совпало с Омской дипломатической конференцией, на которой представители союзников собрались в столице Колчака, чтобы обсудить, как их правительства могут наилучшим образом помочь адмиралу, Лебедев был уволен в августе, но это не могло изменить вердикт союзных делегатов о том, что Колчак теперь проигранное дело. (Для некоторых из них это была первая поездка из Владивостока в темную Белую Сибирь). В подтверждение этого вывода в начале сентября 1919 года была провалена еще одна попытка сдержать продвижение красных между реками Ишим и Тобол, которой руководил новый главнокомандующий Колчака генерал Дитерихс, так как ключевые армейские группы (в частности, Сибирский казачий корпус атамана П.П. Иванова-Ринова) не смогли продвинуться на поле боя так же гладко, как на бумаге. От услуг Дитерихса также быстро отказались, но столицу Колчака, Омск, не смог спасти его драчливый преемник, генерал К.В. Сахаров, несмотря на то, что тот был вынужден отступить. Сахаров, несмотря на то, что последний создал из остатков Восточного фронта белых оптимистично названную "Московскую группу армий": Истощенные силы 27-й стрелковой дивизии красных, которые за два дня продвинулись на 150 верст, вошли в город и захватили его 14 ноября 1918 года, не дождавшись и половины оборонявшегося гарнизона - вернее, половины тех гарнизонных частей, которые остались в Омске, поскольку к тому моменту "Дьявол забирает заднее" сменил "Все для армии" в качестве актуального лозунга белых. Бежавшие офицеры особенно старались снять с себя знаки отличия на случай задержания красными, в результате чего улицы Омска "были так густо усеяны погонами, что наводили на мысль об опавших листьях осенью", по словам одного британского очевидца.
Сахаров был арестован раздраженным генералом А.Н. Пепеляевым 9 декабря 1919 года и заменен генералом Каппелем. К тому времени остатки 1-й армии Пепеляева взбунтовались под Томском, а их бывший командующий генерал Гайда, уволенный в начале июля 1919 года за критику Лебедева, руководившего весенним наступлением, и отказ признать власть генерала Дитерихса, был арестован и заменен генералом Каппелем, и за якобы укрывательство эсеров в своей армии - встал во главе мятежа против Колчака во Владивостоке (Гайдинский путч), который был организован местными эсерами и поощрялся британскими дипломатами. Аналогичным образом генерал Б.М. Зиневич, внезапно назначенный комендантом крупнейшего промышленного города региона, Красноярска, когда его предшественник (генерал Марковский) бежал, также возглавил его гарнизон в поддержку туманной эсеро-меньшевистской организации "Политический центр", которая выходила из подполья в городах вдоль Транссибирской магистрали. Тем временем остатки Южной армии и ее уральских и оренбургских казачьих отрядов были уже отрезаны от основных сил белых: одни бежали на юг к Каспию (и в конечном итоге в Персию), другие последовали за Дутовым в Семиречье (и в конечном итоге в Китайский Туркестан).