Трудности, с которыми столкнулась Церковь в качестве объединяющей политической теологии и оружия в борьбе за пограничные земли, вылились в духовный кризис XVII века, приведший к Великому расколу. Раскол стал кульминацией дебатов о реформах внутри Церкви, которые имели некоторое сходство с протестантскими движениями в Центральной Европе столетием ранее. Он также был частью более крупного культурного конфликта в западных пограничных районах, где кальвинизм и более радикальные братства боролись с Контрреформацией, возглавляемой иезуитами. Оба участника боролись за победу над православными мирянами и церковниками, подавленными бедствиями Смутного времени в начале XVII века, когда вера в Русскую церковь как защитницу чистоты православия была сильно поколеблена.
В середине XVII века два течения мысли, одно внутреннее, а другое внешнее, объединились, чтобы бросить вызов господствующему в церковной иерархии мнению, что русская литургия и богословские тексты - единственный истинный путь к спасению. Группа клириков, известная как "Ревнители благочестия", критиковала ряд практик в проведении церковных служб и народных ритуалов и празднований религиозных праздников. Спор распространился на значение литургии и относительную важность приходского духовенства и епископата. Новоназначенный патриарх Никон первоначально был связан с зилотами, но и он попал под влияние греческих священнослужителей, искавших убежища от османского владычества и новых карьер и возможностей в Московии. Благодаря своей образованности, они постепенно оказывали влияние на русских священнослужителей в направлении исправления злоупотреблений, вкравшихся в ритуал и тексты за предыдущее столетие. Среди них Паисий, патриарх Иерусалимский, проводил кампанию одного человека, чтобы убедить царя Алексея Михайловича (1645-1676) принять руководство православным миром против католиков-поляков и мусульман-османов. Он поддержал прошения к царю лидера казацких повстанцев Богдана Хмельницкого, просившего помощи в восстании против поляков. Он также преодолел первоначальное сопротивление Москвы идее войны с поляками за Украину. Он помог наладить отношения между Хмельницким и царем, что привело к заключению Переяславского договора в 1654 году, по которому левобережная Украина вошла в состав Московского государства. Вместе с другими ведущими духовными лицами на Балканах и Ближнем Востоке он проповедовал, что Хмельницкому и московитам необходимо присоединиться к войне за освобождение славян от турецкого ига. Никон отнесся к этому с пониманием. Будучи новгородским митрополитом, он выступал против политики правительства по возвращению православных беженцев из-под шведского владычества в пограничные карельские земли и поддерживал идею освобождения своих единоверцев от еретичествующих шведов. Но каким бы благочестивым он ни был, Алексей Михайлович не собирался отправляться в крестовые походы.
К концу века влиятельные православные церковники на Балканах все настойчивее требовали вмешательства Москвы и освобождения славян. В ответ на это русские при регентстве сестры Петра, Софьи, начали две Крымские кампании. Несмотря на их неудачу, прецедент был создан. Роль России как защитницы духовных интересов православных постепенно приобретала политический оттенок. Русские правители не стали объявлять религиозную войну в первой борьбе за пограничные территории; это открыло бы османам путь к ответным действиям. В обеих империях было слишком много единоверцев, чтобы рисковать подобной "тотальной священной войной". Но отныне русские будут обращаться за помощью к славянскому населению во имя православной солидарности, если война с османами разразится по другим причинам.