В пограничных районах Кавказа процесс обращения мусульманского населения, как и в западных пограничных районах, был тесно связан с безопасностью. Ислам обеспечивал стойкость сопротивления имперскому правлению со стороны племен Северного Кавказа. Русской армии потребовалось двадцать лет, чтобы усмирить горцев. Но есть и такие люди, как фельдмаршал князь Михаил Воронцов, наместник Кавказа с 1843 по 1856 год, который привнес в кавказское пограничье просвещенный взгляд на имперское правление. Сын вельможи екатерининской эпохи, получивший образование в Англии, ветеран всех российских войн первой половины века, он расширил екатерининскую политику веротерпимости, позволив уламам продолжать управлять начальными школами и собственными религиозными судами по шариату (исламскому праву), полагая, что местную мусульманскую элиту можно привлечь в союзники против восставших горцев. Его преемник, фельдмаршал А.И. Барятинский, придерживался иной, возможно, не менее "просвещенной" точки зрения. Как и Воронцов, он пришел к выводу, который излагал в записках Александру II, что Россия стала для Азии тем, чем Европа долгое время была для России: источником и носителем самой передовой цивилизации в мире. Но он сомневался в эффективности воронцовской политики веротерпимости и опасался, что упорное сопротивление русскому владычеству в виде мюридизма - сугубо эгалитарного накшбандийского братства - искалечит кавказскую армию в случае внешней войны. Он намеревался ослабить его привлекательность, восстановив силу обычного права (адата) и вернув престиж местной знати. Уменьшив власть мулл, он надеялся разъяснить мусульманам разницу между гражданской и религиозной жизнью и постепенно ввести российское гражданское право. В то же время он стремился "воскресить православие в этом крае". Александр II одобрил его предложение о создании Общества восстановления православного христианства и передал его под покровительство императрицы Марии Александровны. Целью общества было не враждебное отношение к горцам путем активного прозелитизма, а восстановление веры там, где она существовала с древних времен до XVI века, когда османы и персы завоевали этот регион. Предвосхищая политику Н. И. Ильинского в Сибири, он выступал за открытие семинарий, где преподавались бы местные языки и переводились христианские религиозные тексты.
Прозелитическая деятельность Общества шла с переменным успехом, но главные его достижения в Абхазии были обусловлены условиями и обстоятельствами, почти в точности противоположными тем, что сложились в Волго-Камском регионе или других регионах Кавказа. Общество было хорошо организовано и финансировалось, его поддерживали сменявшие друг друга наместники и их подчиненные, а многие миссионеры были грузинами, знавшими местные условия и языки. Кроме того, абхазы все еще сохраняли некоторые остатки христианской веры в своей синкретической религиозной жизни. Но благоприятная перспектива обращения в христианство померкла к концу XIX века, когда Османская империя при султане Абдулхамиде возродила старую воинственную традицию и начала посылать на Кавказ мулл, получивших образование в Стамбуле. При последних правителях Российской и Османской империй имперские власти стремились соединить религиозную веру и лояльность национализирующемуся государству в новой форме политической теологии. То, что Русская церковь неуклонно уступала исламу на Кавказе, свидетельствовало о растущем сопротивлении местного населения российскому владычеству, а также о традиционных слабостях православного миссионерства.
В эпоху Великих реформ (1861-1881) политика обращения становилась все более сложной и противоречивой. Усилились разногласия внутри государственной администрации, а также между центральными и периферийными властями. В приграничных балтийских губерниях, на Кавказе и в Средней Азии российские проконсулы экспериментировали с различными способами завоевания лояльности местного населения, чередуя большую и меньшую терпимость к неправославным верованиям. Роберт Джерачи показал, с какими сложными проблемами сталкивались в Сибири даже самые преданные и умные миссионеры. Такие люди, как Н. И. Ильинский, сталкивались с препятствиями внутри Церкви и среди более агрессивных россиян в своей кампании по распространению православия через использование родных языков. В конечном итоге проблема сводилась к тому, что многие русские миссионеры, бюрократы и публицисты проявляли глубокое двойственное отношение к процессу обращения как лучшему средству ассимиляции мусульманских и языческих народов Востока.