Все эти усилия пострадали из-за неспособности Православной церкви провести столь необходимые внутренние реформы и обеспечить сильное интеллектуальное руководство. Во время Великих реформ произошел отток сыновей священников (поповичей) из духовного сословия, включая многих лучших и самых способных. Хотя они продолжали служить "полезными агентами культурной русификации", особенно в юго-западных пограничных районах, на них уже нельзя было рассчитывать как на ярых монархистов. Их политические взгляды были либо амбивалентными, либо антиавторитарными. К концу века Церковь столкнулась с общим кризисом корпоративной самоидентификации. Многие аспекты церковной жизни оставались спорными. Наиболее новаторскими теологами второй половины XIX века были миряне - Константин Леонтьев, Владимир Соловьев и Лев Толстой, которые часто вступали в противоречие с церковной иерархией. В 1905 году в спорах о церковной реформе известные светские писатели В.В. Розанов, Димитрий Мережковский и В.А. Тернавцев, так называемые максималисты, тщетно пытались примирить православие и интеллигенцию по таким вопросам, как частная собственность, синтез справедливости Божией и справедливости человеческой.75 Церковь была еще более ослаблена своей неспособностью положить конец расколу и вернуть старообрядцев в лоно Церкви. Не существует согласованных данных о количестве старообрядцев в конце империи, но оценки варьируются от четверти до трети великорусского крестьянства. Это означало, что значительная часть населения центральных губерний не верила в законность своего правительства. Когда Николай II был вынужден в результате революции 1905 года издать указ о веротерпимости, произошел массовый отход от православия и переход в римский католицизм бывших униатов в западно-западных пограничных районах, а также переход в ислам татар, бурят-монголов и других в Сибири. Это было не что иное, как отказ от принадлежности к России.
Пожалуй, самый серьезный урон религиозным основам имперского правления был нанесен императорской семьей. Николай II и его супруга Александра попытались создать новый историко-религиозный миф, соединив две старые традиции правления: с одной стороны, блистательного царя-москвича, окруженного иератическим византийским ритуалом, и, с другой стороны, русского паломника-святого человека в смиренном служении народу.Это привело к спорам о канонизации, которые открыли еще одну проблему между простым народом и церковной иерархией Святейшего Синода. В то же время ошибочный энтузиазм царя в создании новых объектов религиозного благочестия оскорблял высокопоставленных церковных деятелей, которые считали, что только они имеют право определять святость. Императорская чета отчаянно пыталась поддерживать иллюзию, что их власть исходит от Бога, а также опирается на мистическую связь с народом. Это открывало "темным силам" путь к проникновению в цитадель самодержавия. И Николай, и Александра тянулись к Распутину, потому что именно он стал воплощением национальной народной идеи.
В итоге политическое богословие империи становилось все более расколотым; обращение оказалось скучным инструментом имперского правления. Идея о том, что православие может служить фундаментом, на котором можно построить имперскую идеологию, не была последовательно одобрена правителями или правящими элитами. Церкви не хватало культурных ресурсов для массового обращения населения приграничных районов. В то же время последовательная политика веротерпимости в мультикультурной империи могла лишь подпитывать настроения большей автономии во всех сферах общественной жизни, включая национальные устремления. В Российской империи эта дилемма так и не была решена.