Несмотря на конфессиональную терпимость, Екатерина предоставила православной церкви исключительное право на прозелитизм и запретила отступничество от православия. Ее концепция просвещенного и хорошо управляемого государства также определяла ее политику терпимости к еврейскому населению на западно-северных пограничных территориях, полученных в результате Первого раздела Польши. Когда в результате Второго раздела в Польше появилось большое количество евреев, прагматические соображения взяли верх. В ответ на жалобы русских купцов ее законодательное постановление от 1791 года ограничило место их поселения и торговую деятельность, заложив основу для создания Палеополя. Попытки начать кампанию по обращению евреев в христианство не было. Тем не менее, территориальная привязка евреев, дополненная дополнительным дискриминационным законодательством на протяжении XIX века, фактически превратила Палеопоселение во внутреннюю пограничную территорию. Это стало серьезным препятствием для ассимиляции и способствовало широкому распространению недовольства среди еврейского населения. Это помогает объяснить непропорционально большое количество евреев в руководстве социалистического движения в конце века и появление в России первых сторонников сионизма.
На протяжении всего XIX века политика государства в отношении православия зависела от личных предпочтений правителей и колебалась между обращением и веротерпимостью, не приходя к однозначному курсу. Александр I, психологически самый сложный царь, руководил обществом, переживавшим религиозное возрождение. Его гетеродоксальное религиозное мировоззрение сформировалось отчасти под влиянием пиетизма, последовавшего за его собственным духовным обращением во время fiре, поглотившего Москву во время наполеоновской оккупации. Он также основал Общество христиан-израильтян, скорее как средство личного искупления, чем как государственный смысл - хотя в случае с Александром трудно отделить одно от другого. Его предполагаемой целью была поддержка и поддержка обращенных в христианство иудеев. Характерным для двойственного отношения Александра к Православной Церкви было то, что рекруты в Общество могли быть привлечены из любой христианской конфессии. В гораздо более радикальном отступлении от принципиальной позиции Церкви Александр одобрил создание Императорского Российского Библейского общества и слияние Святейшего Синода с Министерством просвещения. На практике это привело к тому, что Православная церковь была приравнена к другим конфессиям, была введена толерантность и запрещена прозелитизм среди церквей. Неудивительно, что перевод Священного Писания с церковнославянского на простонародный русский язык под эгидой Библейского общества вызвал гнев ведущих православных церковников за "унижение слова Божьего". Проект не был завершен в течение полувека, что нарушило прогресс в достижении петровской цели русской "реформации", которая поставила бы политическое богословие империи на один интеллектуальный уровень с конкурирующими религиями книги. В целом политику Александра в области обращения можно назвать благожелательным пренебрежением, приправленным противоречивыми элементами мистицизма и рационализма.
Николай I предпринял шаги по восстановлению главенства православия. Он с энтузиазмом одобрил формулу "Православие, самодержавие и народность" (народность), разработанную его министром просвещения графом Сергеем Уваровым в качестве свода принципов для "воспитания народа". Уваров вряд ли был религиозным фанатиком и никогда не прибегал к методам принуждения для обращения неправославных. Его главной задачей была защита Церкви от двойного зла - рационализма слева и мистицизма справа.
Даже Николай придерживался иной тактики в своих попытках укрепить связь между религией и "русскостью". Он упразднил Общество христиан-израильтян. Рассматривая евреев как паразитический элемент в населении, он стремился ослабить их религиозную общину (кагал) с помощью налогов и провести их обращение в христианство путем введения воинской повинности. Рассматривая униатскую церковь как инструмент полонизации, он издал указ о ее упразднении в 1839 году, вернув в православие 1,5 миллиона человек. Редкий случай насильственного обращения в православие, он вновь проявился, когда во время польского восстания 1863 года униаты присоединились к католикам в борьбе с императорской властью. В Поволжье попытки обратить мусульман не увенчались успехом, что привело к движению массового отступничества в 1866 г. Правительство продолжало испытывать разочарование от собственной неспособности примирить концепцию религиозной терпимости и политическую теологию империи.