Контрреформация в Речи Посполитой завершила идентификацию шляхты и Римско-католической церкви. Хотя протестанты были главной целью контрреформации в Польше, орден иезуитов также начал кампанию по возрождению духа Флорентийской унии и восстановлению раскола с православием. Среди их главных выразителей был Петр Скарга, первый ректор Виленского университета на северо-восточном пограничье и советник короля. Скарга был автором работы "О единстве Церкви Божьей и о греческом отклонении от этого единства", опубликованной в 1577 году. В трактате православие осуждалось как ересь, а условия единения с католицизмом сводились скорее к полному поглощению, чем к какому-либо реальному компромиссу. Его план представлял собой попытку интегрировать восточные пограничные земли, возродив идею унии между латинской и греческой православными иерархиями, которая привела бы русинское население под власть римского понтифика. Но были и другие планы, предложенные членами католической иерархии, которые предвещали унию, основанную на признании православными духовной власти папы и богословского единообразия в обмен на признание славянских обрядов русинской церкви. Из среды шляхты исходил третий вариант единства, содержавшийся в "утопических" предложениях воссоединить христианство, признав сущностное сходство двух верований и необходимость их равноправного сочетания. Но это была позиция меньшинства.
Одновременно с разработкой этих планов Церковь вела активную просветительскую и пропагандистскую кампанию по обращению православных в восточных пограничных районах Содружества. Ее миссионерская работа не всегда могла рассчитывать на прямую поддержку государства, но к 1590-м годам королевская политика отошла от прежней политики веротерпимости в сторону более "конфессиональной" позиции. Возможно, это происходило отчасти как реакция на восстановление в 1589 году Московского патриархата, претендовавшего на юрисдикцию над православным духовенством Литвы и Украины. Но решающая инициатива, приведшая к Брестской унии, исходила от православных епископов восточных пограничных земель Содружества. К 1590-м годам православная иерархия на Украине оказалась в затруднительном положении. Их дилемма представляла собой классический случай элиты на спорной пограничной территории. С одной стороны, на них оказывали давление польские католики, а с другой - московский патриарх. Кроме того, они столкнулись с внутренним вызовом своему духовному лидерству со стороны православных братств и разгулом ересей внутри собственной церкви. Они пошли на драматический шаг и стали искать примирения с католической церковью, которая сохранила бы их литургию и обычаи в обмен на признание власти римского понтифика. Но, по словам Михаила Дмитриева, "история Брестской унии - это история иллюзий", сложившаяся на основе взаимного непонимания католиков и православных.
Примирение и ассимиляция православных были успешными лишь отчасти. Первоначально движение получило поддержку среди православной иерархии (из семей шляхты) и светских магнатов, которые видели в нем средство реформирования коррупции и злоупотреблений в своей церкви. Принятие униатской церкви некоторыми литовскими дворянами означало еще один шаг в их полонизации. Сопротивление быстро возникло среди русинских православных братств в городах. Они рассматривали унию как еще один пример высокомерия шляхты и потери местного контроля над назначением священнослужителей. Еще до Брестской унии, но особенно после нее, между католиками и православными разгорелась ожесточенная пропагандистская война. Польское правительство осуждало православных как фанатичных еретиков, а оппозицию униатской церкви - как преступную. Гибридная церковь так и не проникла в массы крестьянского населения приграничных районов и была отвергнута казаками.
Полонизация русинской знати, включенной в состав Речи Посполитой Люблинской унией 1569 года, была далеко идущей, но к середине XVII века не завершилась. Населяя восточные земли Великого княжества Литовского (Волынь и Киев), они сохранили свой язык и православную религию, хотя и приняли ментальную вселенную szlachta, основанную на сарматском мифе. Они отличались от польских шляхтичей по нескольким существенным признакам.
Они сотрудничали с горожанами через братства мирян и с духовенством через традицию активного мирянства. Расположение на границе понтийской степи заставляло их активнее участвовать в военной жизни и даже временами вести собственную внешнюю политику с соседними державами - русскими, татарами и турками. Влияние контактов с кочевыми обществами и исламом на их образ жизни и мировоззрение, возможно, недостаточно оценено. Было бы анахронизмом говорить о наличии среди них националистических или даже протонационалистических чувств. Содружество не смогло ни ассимилировать, ни интегрировать в качестве отличительной культуры в политическое тело.