В музее Санта Крус хранится одна из лучших картин позднего периода творчества Греко — а именно «Вознесение богоматери» (1607) из церкви Сан Висенте. Картина прекрасно сохранилась, что не всегда бывает с работами Греко. В этой картине Мария парит среди облаков, как бы гонимая к небу поднимающимся снизу пламенем. Роскошен красно-желтый цвет одежды стоящего слева, с раскрытыми серо-лиловатыми крыльями, большого ангела, которого знаток Греко, Коссио, написавший первый основательный труд о творчестве Греко (1908), назвал христианской Никой Самофракийской. Одежда ангела бросает красноватые отблески на белые, зеленоватые и синие ткани одежд апостолов, придавая им динамичность. На фоне мерцает Толедо — силуэт моста Алькантара, шпиль колокольни собора, направо — лодка, скользящая по водам Тахо. Полон свежести роскошный букет роз и лилий. Богоматерь окружена свитой ангелов, играющих и поющих в ее честь. Рисунок к этой картине хранится в сакристии монастыря св. Магдалины (Толедо). В музее Санта Крус мастерством исполнения привлекает еще ряд картин Греко: «Св. Иосиф с младенцем Христом» замечательны своей душевной проникновенностью; «Благовещение» — нежно лирично; «Непорочное зачатие», выполненное в чистых светлых, с преобладанием голубого, тонах, спокойно. Напряженно драматичен «Христос с крестом». «Явление Христа богоматери», или, как иногда ее называют, «Прощание богоматери с Христом», — картина, полная спокойной ясности, это как бы задушевный, полный взаимного понимания разговор матери с сыном. Здесь нет ни одной посторонней фигуры, ни одного лишнего аксессуара. Вопреки своей привычке Греко ни разу не возвращался к этому сюжету.
Греко работал и как скульптор, и в этой области на него, безусловно, оказала влияние Испания. Как и испанские мастера, он для своих скульптур предпочитал дерево, которое потом раскрашивалось. Нервностью линий, удлиненностью пропорций, подбором красок работы Греко близки к работам Алонсо Берругете. Скульптурных работ Греко сохранилось очень немного, и все они находятся в Толедо. Лучшая из них — это «Облачение богоматерью св. Ильдефонса». Группа удивительно искусно скомпонована: в окружении ангелов помещены богоматерь и коленопреклоненный святой. Смелый ракурс его фигуры как бы вводит его в реальное пространство помещения. Окружающие главную группу ангелы образуют конфигурацию эллипса, абрис которого нарушен распростертыми крыльями ангелов, стоящих по бокам. Одежда богоматери, падая многочисленными ломающимися складками и расстилаясь внизу по головкам херувимов, придает монументальность изображению.
Статуи, украшающие ретабло в Санто Доминго эль Антигуо, «Вера и Надежда», «Пророки Исайя и Самсон» и ангел воспроизведены по рисункам Греко известным испанским скульптором Монегро. Игра складок одежд придает им изящество. Большим мастерством и профессиональным знанием анатомии отличается работа Греко «Статуя обнаженного Христа» (1595–1598) в госпитале кардинала де Тавера. Эта статуя, когда выставлялась в церкви, одевалась в одежду из настоящих тканей.
Греко был знатоком архитектуры, это видно по значительному количеству работ по вопросам архитектуры, бывших в библиотеке живописца, включая труды Витрувия, Палладио, Виньолы, Серлио, Леона Баттисты Альберти, Хуана де Эрреры и описание архитектурных памятников Рима. Но зданий, построенных по проекту Греко, не обнаружено. Он известен как создатель обрамлений заказанных ему ретабло. Создавая архитектурный декор, Греко пользуется элементами итальянской классики, всего охотнее он следует образцам Виньолы: прямые сдвоенные колонны с переходящими в волюты краями фронтона, карнизы с консолями, арки и фризы, украшенные лаврами. Таково обрамление в Санто Доминго эль Антигуо с его классическим ордером, видимо введенным в Испании Греко. По его рисункам было сделано обрамление и ретабло в Сан Хосе и в капелле Успения богоматери в церкви Сан Висенте. Последним обрамлением работы Греко является обрамление для ретабло в госпитале де Тавера, законченное сыном Греко в 1625 году.
Греко же принадлежал проект роскошного катафалка, воспетого известным поэтом фра Ортенсио Парависино, заказанного художнику для заупокойной мессы королевы Маргариты, жены Филиппа III, умершей в 1611 году. Проект не был осуществлен, так как месса была отменена по распоряжению короля, боявшегося поддержать этой мессой слухи о том, что королева умерла не от болезни, а была отравлена.