Страна делилась на восемь департаментов, из которых каждый имел свое департаментское управление и свою судебную палату. Феодальные порядки отменялись, и все вероисповедания пользовались одинаковым покровительством. Проект этот должен был подвергнуться народной санкции, и всякий избиратель, не подавший голоса, считался одобрившим проект. Палаты, проявившие было намерение оказать противодействие, были распущены 18 сентября 1801 года по приказу трех директоров (в том числе и Пеймана), а двери зала заседаний были опечатаны. Состоялся плебисцит и, хотя против проекта было 52 219 голосов, а за проект всего 16 771 (из 416 619 избирателей), конституцию сочли одобренной (6 октября 1801 г.), так как воздержание от голосования 350000 избирателей сочтено было за их согласие.
Государственное регентство (1801–1805). С октября 1801 года было организовано новое правительство. Существенной особенностью его было то, что оно составилось как из оранжистов (Брантсен), так и из патриотов (Пейман, Споорс и др.), и начало принимать неотложные меры к примирению. Однако умеренные люди, хотя и были довольны этим направлением, все же имели основание беспокоиться, так как видели, что все подчинено олигархии, которая присваивала себе всю полноту власти и сама выбирала даже членов, якобы нациопального представительства. Таким образом, переворот 18 сентября 1801 года был принят Батавией не с энтузиазмом, как выразился Семонвиль, а с покорным равнодушием, появляющимся часто в результате непрерывных перемен.
Частичное очищение территории от французов, в силу конвенции 21 августа 1801 года, явилось значительным облегчением для нидерландского бюджета: с радостью была принята уплата в пользу Франции пяти миллионов флоринов взамен уменьшения оккупационного корпуса с двадцати пяти до десяти тысяч человек. Последовавшие переговоры с Англией и Амьенский договор 1802 года возбудили большие надежды; думали, что торговля достигнет былой высоты благодаря свободе мореплавания и что республика в тиши всеобщего мира вернет убытки, которые она понесла за девять лет войны. Соглашение с принцем Оранским, отказавшимся за себя и за своих наследников от штатгальтерства в обмен за уступку некоторых секуляризованных немецких аббатств (Фульда, Корвей, Вейнгартен), казалось, освобождало вместе с тем Батавию навсегда от оранжистской опасности (24 мая 1802 г.). Можно было рассчитывать, что начинается эра возрождения и подъема. К несчастью, эта надежда не осуществилась. Несмотря на доброе желание своих членов, государственное регентство неспособно было разрешить вставших перед ним финансовых затруднений. Имея перед собой на 1802 год дефицит в 50 миллионов флоринов, правительство предложило четырехпроцентное обложение имуществ и десятипроцентное — доходов на восемь лет; такая комбинация вызвала озлобление большинства голландцев. Кроме того, регентство допустило и прямые ошибки, стремясь ограничить евреев и католиков (как и до революции) и пренебрегая армией. Генералы Дандельс и Дюмонсо не скрывали своего неудовольствия и повели взволновавшие регентство тайные переговоры. «Таково уж положение Батавии, — писал Семонвиль Талейрану, — что она распадется при честных, но неумелых и робких вождях, с зли гений первого консула не позаботится о ее судьбах».
Бонапарт своим вмешательством заставил Дандельса и Дюмонсо вернуться к исполнению своего долга и этим спас правительство. Но вскоре нарушение Амьенского мира привело к возобновлению войны с Англией, и республика, волей-неволей вовлеченная в эту борьбу, не замедлила почувствовать ее гибельные результаты. 25 июня 1803 года Батавия обязалась кормить и оплачивать корпус французской армии, выставить от себя 16 ООО человек, снарядить 5 линейных кораблей и 5 фрегатов и выстроить транспорты и баркасы бодее чем на 60 000 человек. Финансовое истощение делало для республики выполнение этих обязательств почти невозможным; она пыталась уклониться от них и замедлить открытие враждебных действий с Великобританией. Поведение Батавии вызвало гнев первого консула, который с 1803 года задумал переделать батавскую конституцию. В его представлении регентство было осуждено на исчезновение и его следовало заменить «человеком с характером», который мог бы сделаться главой страны.