Прогнав Баяна, император Юань Хуэй-цзун назначил Мачжаэртая канцлером и взял под свой контроль армию. Только тогда он решил объявить причину смерти своего отца Мин-цзуна и приказал вынести ритуальную таблицу Юань Вэнь-цзуна из императорской молельни. Вдова императора Будашири была изгнана из императорского дворца и вскоре умерла. С принцем Эль-Тэмуром было легко разобраться: его лишили титула и отправили в Коре. Через некоторое время Мачжаэртай ушел на покой, и его сын Тогто стал канцлером. Император доверял Тогто, а Тогто хотел заниматься реформами. Император дал добро, и так объявили о проведении реформ. Тогда Юань Хуэй-цзуну было чуть за двадцать, а Тогто двадцать шесть-семь лет. Эти два энергичных молодых человека желали хорошо выполнить свои обязанности.
Тогто сразу же выдвинул указы для проведения реформы. Во-первых, в том же году возобновили экзамены кэцзюй, расширили набор в «Академию сынов государства», а число студентов монголов, ханьцев и других национальностей вместе превысило три тысячи человек. Во-вторых, учредили ученую палату и пригласили эрудированных учителей для обучения детей императорской семьи и знати, чтения «четырех книг и пяти канонов», изучения каллиграфии и игре на гуцине. В-третьих, записали историю династий Сун, Ляо, Цзинь под руководством Тогто. В-четвертых, возместили ущерб людям, которые пострадали из-за Баяна. В-пятых, создали шесть правил продвижения по службе и смещения должностных лиц: увеличение численности населения, увеличение освоенной целины, уменьшение судебных дел, низкая преступность, равномерное распределение налогов и труда, а также умелый расход запасов зерна. Если все правила выполнены — повышают, нет — понижают. В-шестых, снизили арендную плату для простого народа, налоги на производство соли, разрешили коневодство. Все шесть реформ были очень хороши, и очень скоро они принесли свои плоды. Все были рады и называли Тогто уникальным канцлером династии Юань.
Увидев, что Тогто всем сердцем старается, Юань Хуэй-цзун тоже воодушевился. Раньше он позволял министрам все, а сам гулял по дворцу и развлекался. Но все изменилось: он воспрянул духом, ходил на собрания, жертвоприношения, выезжал на проверки и прочее. Он каждый день ходил в ученую палату, чтобы обсудить со всеми государственные дела. В свободное время он учился и занимался посевами за городом. Чтобы его считали бережливым, он сократил количество евнухов и наложниц, упростил дворцовое меню, сократил забои овец с пяти до одной в день, сменил золотые шпоры на сапогах на медные. Если так будет продолжаться, Юань Хуэй-цзун вскоре догонит Юань Жэнь-цзуна и, возможно, династия Юань действительно будет процветать!
Но никто не знал, что хорошие времена продлятся недолго. Спустя немного времени в империи началась внутренняя борьба. Чиновники нападали друг на друга, сместить другого, чтобы занять его место — старые методы. В ходе этой борьбы Тогто потерял свой чин. Через несколько лет Юань Хуэй-цзун снова попросил Тогто стать канцлером, но ситуация в государстве была уже другая. С момента основания династии Юань в разных областях восстания не прекращались, но они никогда не перерастали в нечто большее. За последние несколько лет случилось множество стихийных бедствий, правительство еще больше стали взимать с людей, и у них не было средств на существование, оставалось только бунтовать. Юань Хуэй-цзун каждый день получал отчеты о восстаниях, из-за этого он не находил себе места. Как назло, в том году не прекращались ливни, река Хуанхэ разлилась и затопила районы Шаньдуна, Хэнаня, Хэбэя, Аньхоя, Цзянсу и многие другие территории. Люди по оба берега в спешке оставляли свои дома. Как раз в это время Тогто назначили канцлером во второй раз.
Он был очень обеспокоен, поэтому немедленно созвал всех, чтобы придумать, как справиться с наводнением. Чиновник, ответственный за охрану водных ресурсов, Цзя Лу являлся экспертом в этой области. Он сказал: «Я вижу два варианта. Первый — построить большую дамбу на северном берегу, чтобы блокировать наводнение, второй — заблокировать путь и отвести воду, засыпать с севера и перенаправить воду к югу к началу русла реки, чтобы она впала в море». Тогто спросил: «И какой вариант на твой взгляд лучше?». Цзя Лу ответил: «Первый вариант экономит трудозатраты и деньги, но не избавляет от первопричины. Второй вариант требует много труда и денег, но он самый эффективный. Я считаю, что нужно действовать так, иначе наводнения не прекратятся». Многие чиновники покачали головами, услышав его, и, перебивая друг друга, стали возражать: «Казна сейчас небогата, так что лучше сэкономить». Когда они закончили спорить, Тогто сказал: «Я тщательно посчитал, лучше выбрать второй вариант, необходимо устранить первопричину. Мы заблокируем реку с севера и направим ее на юг!».