19 июня (2 июля) фон Кюльман также телеграфировал в Берлин обнадеживающие сведения, полученные от его представителя при Ставке Верховного главнокомандующего барона фон Лерснера: «По устному заявлению Иоффе, известие об убийстве царя и семьи не имеет под собой оснований. Однако императорская фамилия по-прежнему находится в опасном положении в связи с осложнениями на Урале. Я настойчиво ему напомнил, что мировое общественное мнение считает советское правительство ответственным за жизнь царя и его семьи. Я указал ему также на необходимость гарантировать им достойное существование в нынешнем положении. Иоффе обещал уведомить об этом свое правительство».
Оставалось три недели до бойни в подвале «дома особого назначения». Согласно Курту Ягову, в тот момент завершилась предварительная разведка, которую вели советские дипломаты. Большевики посчитали, что никто в Европе не станет вмешиваться во внутренние дела России из-за уничтожения всей императорской фамилии, и тем более не опасались осложнений с Берлином. После неудачной экспедиции комиссара Яковлева можно было уже успокоиться.
Во второй половине июня в России вспыхнула Гражданская война и союзническая интервенция решительно подорвала в германской столице и Ставке Верховного главнокомандующего влияние тех, кто, подобно генералу Гофману, выступал против пробольшевистской политики. Граф Мирбах с полной серьезностью передавал в Берлин столь очевидные большевистские басни, что, должно быть, пробные шары Чичерина и Иоффе надежно успокоили нервы влиятельных противников большевиков в правительственных кругах и при германском дворе.
Для бывшего царя переезд в Екатеринбург с первого дня означал гибель. На станции Екатеринбург-II его встретили Белобородов с Голощекиным, в царском поезде прибыли Авдеев и Заславский. Для них царь и члены его семьи были уже приговорены к смерти. 10 (23) мая из Тобольска отправили под конвоем цесаревича и трех остававшихся с ним сестер.
Семья собралась полностью. Дом Ипатьева превратился в тюрьму. Как все сибирские тюрьмы, его окружал высокий дощатый палисад и вторая внутренняя ограда. Наружную охрану обеспечивали пятьдесят четыре человека, внутреннюю девятнадцать. Для этого набрали рабочих во главе с «комендантом» Авдеевым, находившихся под сильным влиянием большевистских пропагандистов. Девятнадцать охранников размещались на одном этаже с императорской семьей. Вели они себя грубо, крайне оскорбительно, особенно в первый месяц. Пленникам установили суровый тюремный режим. Вся их жизнь проходила на глазах у охраны. Камердинер Чемодуров, который прожил первый месяц в доме Ипатьева, а потом был переведен в тюрьму, остался единственным живым свидетелем распорядка, установленного комендантом Авдеевым.
«По прибытии их величеств грубо и тщательно обыскали под руководством некоего Дидковского и коменданта дома. Один из них выхватил сумочку из рук императрицы, и император заметил: «До сих пор мы, кажется, имели дело с порядочными людьми». На что Дидковский сказал: «Попрошу запомнить, что вы находитесь под арестом и следствием». Режим заключения был чрезвычайно суровым, охрана вела себя возмутительно. Но их величества с виду стойко переносили все это, словно не замечая ни этих людей, ни их поведения. Дни обычно проходили таким образом: утром семья собиралась за чаем с вчерашним черным хлебом. В два часа присылали полностью приготовленный местным Советом полдник, который состоял из мясного бульона, жаркого, а чаще котлет. Не было ни салфеток, ни скатерти, еду никто не подавал. Приборы и обслуживание минимальные. По распоряжению императора все ели за одним столом. Иногда на шестерых приходилось всего пять ложек. Обед состоял из тех же блюд, что полдник. Прогулка в саду разрешалась раз в день от сорока до двадцати минут. Во время прогулки сад окружала охрана. Порой император обращался к кому-нибудь из караульных с незначительными вопросами, отвечать на которые было запрещено приказом по дому; всякий раз отвечали молчанием или грубостью… Днем и ночью на первом этаже у входных дверей стояли три красногвардейца, еще один в прихожей, еще один у туалета. Наружную охрану несли дурные люди, грубые, скандальные, с папиросами в зубах, с безобразными оскорбительными манерами и жестами».
Князь Г. Е. Львов, первый председатель Временного правительства, летом 1918 года сидел в екатеринбургской тюрьме № 2, где имел долгие беседы с матросом Нагорным, который был приставлен к цесаревичу, и слугой великих княжон Седневым. Оба провели несколько дней одни в доме Ипатьева, потом были переведены в тюрьму, после чего Нагорного расстреляли. Князь Львов передал их свидетельства следователю Соколову.