Во многих отношениях история медицины XIX века относится к эпохе старого режима. По-прежнему существовали особые группы риска, главной из которых были солдаты всех национальностей. Войны за завоевание Новой Зеландии были, пожалуй, единственными в этом столетии, когда в бою или от несчастных случаев погибло больше европейских солдат, чем от болезней. Противоположной крайностью была кампания на Мадагаскаре в 1895 году, когда от малярии умерло около 6 тыс. французских солдат и только 20 - в ходе военных действий. Новая эра за пределами Европы началась с русско-японской войны 1904-5 годов, когда японцам, благодаря тщательной вакцинации и медицинским учреждениям, удалось свести свои потери от болезней к четверти от числа погибших в боях. В условиях слабости зарождающееся военное государство могло рассчитывать на победу только при условии бережного отношения к своим скудным кадровым и материальным ресурсам. Но XIX век стал также началом конца медицинского ancien régime - того, что, несмотря на все толчки и перебои, нельзя не назвать прогрессом. Этот переход имел, условно говоря, три аспекта, которые можно расположить последовательно.
Первый аспект охватывает глобальное отступление оспы перед лицом вакцинации по Дженнеру, а также профилактику и лечение малярии с помощью алкалоидов, полученных и разработанных из коры цинхоны. После 1840 года или около того, и особенно после 1854 года, смертность от малярии начала снижаться, по крайней мере, среди европейцев в тропиках, что было необходимо для военных завоеваний в южных широтах. Это были два единственных эффективных открытия в медицине до появления микробиологии.
Вторым аспектом стал подъем лабораторной медицины, связанный с именами Луи Пастера и Роберта Коха и ставший одной из величайших инноваций эпохи. После первых серьезных успехов, достигнутых в 1870-х годах, в последующее десятилетие она утвердилась как самостоятельная область науки, хотя еще долго не удавалось разработать профилактические стратегии или даже массовые методы лечения различных заболеваний, причины которых были теперь установлены. Более того, идея о том, что медицинские исследования должны проводиться в лабораторных условиях, долгое время оставалась спорной для западной общественности. Такие сомнения часто выражались в форме неприятия экспериментов с животными ("вивисекции").
Между этими двумя прорывами (так называемыми "моментами Дженнера и Пастера" в истории медицины) находится промежуточный аспект или третий этап, связанный с триумфом практики, а не теории. Он связан скорее с именами социальных реформаторов и практиков-санитаров, чем с исследователями, склонившимися над микроскопом. Движение за улучшение санитарных условий, начавшееся в середине века в Западной Европе и Северной Америке, вскоре оказало хотя бы спорадическое влияние на многие другие регионы мира. Задолго до научного установления причин смертности опыт показал, что здоровее жить в городах с чистой водой, нормальной канализацией, организованным вывозом мусора и уборкой улиц (которая, в отличие от современной, сводилась в основном к удалению органических веществ, таких как зола и конский навоз). Это было известно медикам еще до того, как они смогли провести бактериологическую классификацию чистой воды.