Начавшаяся война с гитлеровской Германией помешала завершению реставрации Фонтанного дома. Вскоре после начала войны все исторические здания Ленинграда, находящиеся под охраной государства, оказались в зоне повышенного внимания Инспекции по охране памятников. Шереметевский дворец и другие памятники архитектуры этого района находились под наблюдением архитектора Ивана Георгиевича Капцюга (1903 – 1988). В 1930 году он закончил архитектурный факультет Ленинградского института гражданских инженеров. Но еще со студенческих лет работал над проектами различных сооружений в Выборгском и Володарском районах Ленинграда, где в предвоенное десятилетие велось массовое строительство жилых и общественных сооружений. В годы блокады он находился в Ленинграде и по заданию Отдела охраны памятников (позже ГИОП – Государственной инспекции по охране памятников) принимал участие в работах по укрытию памятников архитектуры, вел наблюдение за теми сооружениями, которые находились в зоне его ответственности, проводил фотофиксацию в случае обнаружения разрушений при бомбежках и артобстрелах, руководил работами по ликвидации разрушений, возможных к выполнению в условиях блокады. В 1942 году ему было поручено разработать проект оформления могилы М.И. Кутузова в Казанском соборе. В послевоенные годы Капцюг работал в мастерской № 9 института «Ленпроект», где разрабатывались проекты реставрации памятников архитектуры Ленинграда и его пригородов, с 1960-х годов руководил этой мастерской. И.Г. Капцюг участвовал в реставрации многих пострадавших в годы войны зданий на Невском проспекте, в 1950 – 1970-х годах руководил реставрацией фасадов и интерьеров Михайловского замка, Петропавловской крепости, разработал проект воссоздания Московских триумфальных ворот, усадьбы И.Е. Репина «Пенаты» и многих других памятников архитектуры нашего города.
В архиве сохранились акты, составленные им в 1942 – 1943 го дах о повреждениях, причиненных бомбежками и обстрелами усадьбе и ее главному дому. 12 февраля 1942 года он сообщал, что на территорию бомбы и снаряды падали 17 сентября, 8 и 21 октября; были полностью уничтожены павильон занимательной науки перед домом, в доме выбиты стекла, повреждена крыша центрального здания, система вентиляции и отопления, в саду погибло 20 деревьев. В первом полугодии 1942 года он предполагал осуществить зашивку оконных проемов, организовать регулярный сброс снега с кровли здания и ее починку, восстановить системы отопления и канализации по мере возможности. Другой акт, составленный им 24 декабря 1942 года, зафиксировал повреждения, полученные домом при артобстреле 11 декабря 1942 года – тогда выбило стекла в 14 оконных проемах. Капцюг считал необходимым вести учет архитектурных деталей, подобранных вблизи построек. Акт от 29 марта 1943 года зафиксировал, что на 1 января 1943 го да повреждений по основным конструкциям здания не имеется. Однако при обстреле 28 апреля 1943 года главному дому были нанесены некоторые повреждения. 12 июля 1943 го да артиллерийский снаряд попал в венчающий карниз дома № 32 (Фонтанного флигеля. –
Среди других документов блокадного времени сохранился протокол от 19 ноября 1943 года о разрушениях и повреждениях в Доме занимательной науки. Стоимость ущерба, нанесенного экспозиции и фондам, комиссия оценила в 1 242 000 рублей. Пострадали аудитории географии, мироведения, геологии, математики, оптики, фойе, кладовые, вестибюль.
28 декабря 1944 года архитектор И.Г. Капцюг, директор Дома занимательной науки И.Г. Гончаров, комендант Т.А. Пере светова составили акт о техническом состоянии и объеме ремонтно-реставрационных работ по главному дому на 1945 год. Было зафиксировано, что фундамент не поврежден, фасад имеет мелкие трещины, повреждения карнизов, тяг и лепки; повреждены стены, перекрытия и крыша левого одноэтажного жилого корпуса; хотя крышу левого уступа главного здания отремонтировали летом 1944 года, в интерьерах главного дома – потеки на потолках; парадный двор требует расчистки и восстановления газонов, которые в годы блокады использовались под грядки; на решетке отсутствуют вазы и пики, поврежден герб, отсутствует лисица (sic!) с правой стороны геральдического щита. Администрация Дома занимательной науки отправила в ГИОП запрос о том, что делать с поврежденным гербом – им ответили, что его необходимо реставрировать, поскольку герб является неотъемлемой частью памятника архитектуры.
Исполком Ленсовета своим решением от 11 июля 1945 го да предписал городскому отделу культпросветработы, которому подчинялся Дом занимательной науки, освободить помещения и передать весь дворец с прилегающими к нему жилыми постройками и садом Арктическому научно-исследовательскому институту Главсевморпути (в дальнейшем – научно-исследовательский институт Арктики и Антарк тики, или ААНИИ).