Дом занимательной науки закрылся в августе 1941 года. Его создатель Я.И. Перельман умер в начале марта 1942-го в блокадном Ленинграде в кабинете своей квартиры на Плуталовой улице.
Каждое из расположившихся в Фонтанном доме учреждений обязано было по согласованию с органами охраны памятников проводить ремонтно-реставрационные работы. В архиве КГИОП сохраняется документация о состоянии дома и о происходивших там ремонтах. Перед началом реставрации обычно производилось обследование интерьеров. Акт такого осмотра от 29 августа 1939 года зафиксировал состояние сложной художественной отделки интерьеров. Штофы Зеленой гостиной оказались сильно закопченными и изодранными, очень запыленными – штофы Малиновой гостиной, очень загрязнен Мраморный зал (Оружейный кабинет). Большой зеркальный зал (sic!) и парадная лестница с вестибюлем нуждались в ремонте.
В феврале 1941 года искусствоведа В. Кузовникову пригласили в Фонтанный дом для осмотра штофов. Составленное ею заключение гласило: в Малиновой гостиной «…полушелковая малиновая ткань с изображением растительного орнамента второй половины XIX века русского производства. Панно находятся в обрамлении резного золоченого багета, а под ними имеется деревянная панель. В тон обивки – портьеры на трех окна с золочеными резными карнизами… Ткань загрязнена, потерта, местами порвана, особенно на потайных дверях (ведущих в спальню. –
Предписание от 14 мая 1941 года о разрешении на работы по Малиновой и Зеленой гостиным позволяет судить о методах и подходах к реставрационной практике в предвоенное время. Известно, что памятники архитектуры эпохи историзма и эклектики в то время не очень высоко ценились историками архитектуры (в теории), однако на практике специалисты стремились бережно их сохранить. После осмотра и экспертной оценки этих интерьеров было предписано: ткань в Малиновой гостиной может быть сохранена, необходимо только очистить ее пылесосом; поврежденные участки заделать кусками ткани, снятыми с откосов двери, а дверные откосы отделать искусственным мрамором. Шелк на стенах Зеленой гостиной рекомендовалось снять, оставив для образца фрагмент с изображением рисунка и заключив его под стекло с соответствующей аннотацией. Снятая ткань должна быть передана в реставрационные мастерские. Стены выкрасить клеевой краской основного тона, лепка, живопись, багет, панели должны быть оставлены на месте.
Большие реставрационные работы намечались и на фасадах здания. Интересно, что в документе предписано «поместить мемориальную доску на фасаде», без уточнения ее текста. Можно предполагать, что текст должен был сообщить о том, что это памятник архитектуры, и назвать имена создателей – такая доска появилась на фасаде дома уже после Великой Отечественной войны (как и на других ленинградских зданиях – памятниках архитектуры). Акт от 27 мая 1941 года об осмотре и реставрации «деревянной обработки главного входа» предписывал снять ее и отреставрировать, а также отреставрировать металлические фонари. 2 июня 1941 года комиссия Инспекции по охране памятников осматривала результаты начавшихся работ по расчистке и освобождению от масляной краски декоративных элементов на фасаде и осталась недовольна методами реставрации.
Предполагалось провести некоторые работы по благоустройству территории усадьбы: посадить деревья в саду, разбить газоны перед главным фасадом, частично замостить булыжником внутренние дворы.