В московский период жизни и позже граф Николай Петрович был тесно связан с замечательным московским семейством Малиновских. Протоиерей Федор Авксентьевич Малиновский, настоятель церкви Святой Троицы «в Троицкой слободе что за Сретенскими воротами», стал его духовным отцом. Малиновский, сын священника этого же храма, получил по тем временам хорошее образование – закончил Славяно-греко-латинскую академию. Он прослужил священником без малого сорок лет и после выхода «на покой» не оставлял своим вниманием графа Николая Петровича. Ему одному из первых написал граф о смерти жены и получал от него успокоительные и подбадривающие письма. Его сыновья избрали для себя другую карьеру. Алексей Федорович Малиновский закончил Московский университет и поступил в архив Коллегии иностранных дел, где он прослужил более шестидесяти лет и много лет возглавлял этот архив. Кроме того, после своего отъезда из Москвы граф Шереметев сделал Алексея Малиновского управляющего московской домовой канцелярией, в каковой трудной и обременительной должности тот пребывал до 1807 года, и поручил «смотрение» за начатым строительством Странноприимного дома. Протоиерей Федор помогал делу не только советом, но и делами – вел переговоры с архитекторами, осматривал стройку, проверял качество строительных материалов.
Павел Федорович Малиновский в молодые годы послужил в армии и перешел затем на статскую службу. Граф Николай Петрович в своем завещании просил его принять на себя обязанность воспитателя маленького графа Дмитрия Николаевича Шереметева.
Третий из братьев Малиновских, Василий Федорович, стал первым директором Царскосельского лицея.
Именно духовный отец графа Николая Петровича благословил его на создание Станноприимного дома в Москве. Ясное понимание своей жизни как жизни во грехе стало для графа Николая Петровича внутренней побудительной причиной основания этого уникального благотворительного учреждения. Странноприимный дом был заложен в 1792 году на собственной земле, «на Черкасских огородах». К строительству этого значительного по размеру сооружения причастны несколько архитекторов, в том числе и крепостных. В 1803 году принял на себя обязанности по строительству Странноприимного дома архитектор Джакомо Кваренги – в память о графине Прасковье Ивановне, которую он безмерно уважал.
Для содержания богадельни на 100 человек и больницы для неимущих на 50 человек граф Шереметев определил неприкосновенный капитал в 500 тысяч рублей и доходы с вотчины Молодой Туд. Он завещал своим потомкам попечение над Странноприимным домом, что и было ими исполнено.
Император Александр I в 1803 году удостоил графа Н.П. Шереметева ордена Св. Владимира 1-й степени, а Правительствующий Сенат постановил отчеканить особую золотую медаль с портретом графа Шереметева и поднести ему в знак признательности к его подвигу человеколюбия. Эта медаль хранилась в Фонтанном доме. Художник В.Л. Боровиковский написал парадный портрет графа Николая Петровича, на заднем плане которого изображен Странноприимный дом. Этот портрет до упразднения Странноприимного дома в 1918 году висел в Столовой зале дома, позже его передали в Государственный исторический музей.
Странноприимный дом открыли в день рождения графа Н.П. Шереметева 28 июня 1810 года, но учредителя к этому времени уже не было в живых.
В 1795 году на средства графа Николая Петровича в Ростове Великом в Спасо-Яковлевском монастыре началось возведение храма во имя Святого Дмитрия Ростовского, чье освящение произошло в 1801 году. Шереметевы особо почитали этот монастырь, находившийся вблизи их владений. Вероятно, это связано с почитанием святого Дмитрия Ростовского, в миру Дмитрия Туптало, современника боярина Петра Васильевича Большого-Шереметева. В храме до революции висел портрет графа Н.П. Шереметева работы художника Николая Аргунова, сейчас он находится в музее-заповеднике в Ростове Великом.
Денежные пожертвования граф Н.П. Шереметев посылал в Борисовский монастырь, основанный фельдмаршалом, в Киево-Печерский монастырь, в киевский Златоверхий Михайловский монастырь, где находились мощи святой великомученицы Варвары.
Петербургский период графа Николая Петровича с болезнями и семейными проблемами привел к тому, что в его жизни духовное начало возобладало над всем светским, суетным. О своем душевном состоянии в последние годы жизни он писал: «…Пиршества переменил я в мирные беседы с моими ближними и искренними… Театральные зрелища заступило зрелище природы, дел Божиих и деяний человеческих».
В Фонтанном доме домовая церковь по-прежнему оставалась его духовным центром. Граф С.Д. Шереметев писал, что при графе Николае Петровиче особо торжественная служба всегда бывала 6 декабря, в честь Николина дня, как ему об этом рассказывала Татьяна Васильевна Шлыкова.