Главные его надежды покоились на князе Семиградском Бетлен Габоре. Не довольствуясь своим княжеством, которое он при помощи турок отнял у своего законного повелителя Гавриила Батория, этот страшный враг Австрии и католической церкви с радостью ухватился за возможность увеличить свои владения за счёт австрийских князей, которые отказывались признать его государём Семиградья. По соглашению с чешскими мятежниками решено было сообща напасть на Венгрию и Австрию; соединение обеих армий должно было произойти перед столицей. Однако Бетлен Габор под маской дружбы умело скрывал истинные цели своих военных приготовлений. Он коварно обещал императору под видом помощи заманить чехов в западню и выдать ему живыми предводителей чешского восстания, но вдруг обернулся врагом императора и вторгся в Верхнюю Венгрию. Ужас предшествовал ему, опустошения следовали за ним; всё покорялось ему. В Пресбурге он возложил на себя венгерскую корону. Брат императора, наместник Вены, трепетал за судьбу столицы. Он поспешно призвал на помощь генерала Букуа, но удаление императорских войск вновь привлекло к стенам Вены чешскую армию. Получив сильную подмогу — двенадцать тысяч семиградцев — и соединившись вскоре затем с победоносными отрядами Бетлен Габора, войско мятежников грозило вторично овладеть столицей. Окрестности Вены были опустошены, Дунай преграждён, всякий подвоз отрезан: угрожал голод. Ввиду этой грозной опасности Фердинанд поспешно вернулся в столицу и вторично очутился на краю гибели. Недостаток припасов и суровое время года принудили, наконец, чехов двинуться восвояси; поражение в Венгрии заставило Бетлен Габора вернуться туда; счастье вторично спасло императора.
За несколько недель всё изменилось, и благоразумная политика Фердинанда исправила его положение в той же мере, в какой положение Фридриха ухудшилось из-за его медлительности и неудачных распоряжений. После утверждения их привилегий чины Нижней Австрии принесли присягу, а немногие отказавшиеся от присяги были обвинены в оскорблении величества и государственной измене. Таким образом, император вновь утвердился в одной из своих наследственных земель. В то же время всё было пущено в ход, чтобы добиться иноземной помощи. Путём устных переговоров Фердинанду удалось ещё во время выборов во Франкфурте склонить на свою сторону духовных курфюрстов, а в Мюнхене — герцога Максимилиана Баварского. Весь исход этой войны, судьба Фридриха и императора зависели от того участия, какое намеревались принять в чешской войне уния и лига. Для всей протестантской Германии было, вероятно, выгодно поддерживать короля чешского; интересы католической религии, очевидно, требовали, чтобы верх одержал император. Победи протестанты в Чехии — всем католическим князьям Германии пришлось бы дрожать за свои владения; их поражение дало бы императору возможность предписывать законы протестантской Германии. Итак, Фердинанд заставлял действовать лигу, Фридрих — унию. Родственные узы и личная преданность императору, своему шурину, вместе с которым он рос в Ингольштадте, приверженность к католической религии, подвергавшейся самой несомненной опасности, увещания иезуитов и подозрительные действия унии — всё это побудило герцога Баварского и всех участников лиги отождествить дело Фердинанда со своим собственным.