Теперь снова открылись и те пути, которые неприятель предусмотрительно занял, чтобы лишить Фердинанда возможности явиться во Франкфурт на избрание императора. Если королю Венгерскому для осуществления его планов необходимо было взойти на престол Германии, то теперь это было тем важнее, что избрание его императором должно было служить решительным и несомненным свидетельством достойности его особы, доказательством справедливости его дела — и вместе с тем давало ему надежду на помощь империи. Но те самые козни, которые преследовали Фердинанда в его наследственных землях, преградили ему путь и к императорскому сану. Ни один австрийский принц, заявляли протестанты, не вступит отныне на германский престол — и тем паче Фердинанд, ярый ненавистник их религии, раб Испании и иезуитов. С целью воспрепятствовать этому германскую корону ещё при жизни Матвея предлагали герцогу Баварскому, а после его отказа — герцогу Савойскому. Так как с последним не так-то легко было столковаться об условиях, то постарались по крайней мере отсрочить выборы, покуда какой-нибудь решительный удар в Чехии или Австрии не погубит все надежды Фердинанда и не сделает его непригодным для такого сана. Члены унии все пустили в ход, чтобы восстановить против Фердинанда курфюршество Саксонское, преданное австрийским интересам; они старались живо изобразить при саксонском дворе все опасности, какими грозят протестантской религии и существованию империи убеждения этого государя и его испанские связи. Восшествие Фердинанда на императорский престол, говорили они далее, вовлечёт Германию в частные дела этого государя и направит против неё оружие чехов. Но, несмотря на все усилия противников, день выборов был назначен, Фердинанд, как законный король Чешский, приглашён на них, и его избирательный голос, вопреки тщетным возражениям чешских чинов, признан действительным. Три голоса духовных курфюрстов были за него, курфюрст Саксонский тоже был на его стороне, курфюрст Бранденбургский ничего не имел против него, и решительное большинство избрало его в 1619 году императором. Таким образом, его главу прежде всего увенчала наиболее оспариваемая из всех его корон, а спустя несколько дней он потерял ту, которую считал уже своим неотъемлемым достоянием. В то время как его во Франкфурте сделали императором, в Праге его свергли с чешского престола.
К тому времени почти все немецкие наследственные владения Фердинанда объединились с Чехией в общий грозный союз, дерзость которого перешла теперь все границы. 17 августа 1619 года на общегосударственном сейме члены союза объявили императора врагом чешской религии и свободы, который своими пагубными советами возбуждал против них покойного короля, предоставлял войска для их угнетения, предал королевство на разграбление иноземцам и, наконец, презрев державные права чехов, уступил его по тайному договору Испании; на этом основании Фердинанда лишили всех прав на чешскую корону и незамедлительно приступили к новым выборам. Так как приговор был вынесен протестантами, то выбор, разумеется, не мог пасть на католического принца, хотя приличия ради раздалось несколько голосов за Баварию и Савойю. Но ожесточённая религиозная ненависть, разделявшая евангелистов и реформатов, долгое время затрудняла также избрание протестантского короля, пока, наконец, ловкость и энергия кальвинистов не победили лютеран, несмотря на их численный перевес.
Из всех князей, которым возможно было предложить этот сан, курфюрст Пфальцский Фридрих V имел наибольшее основание притязать на доверие и благодарность чехов. Среди всех претендентов не было ни одного, за которого бы так красноречиво говорили и частные интересы отдельных чинов, и привязанность народа, и столь многочисленные государственные выгоды. Фридрих V был человек свободного и просвещённого ума, большой доброты, королевской щедрости. Он был главой немецких реформатов, вождём унии, располагавшим её силами, близким родственником герцога Баварского, зятем короля Великобритании, который мог оказать ему могущественную поддержку. Все эти преимущества были умело и успешно выставлены на вид партией кальвинистов, и Пражский сейм с молитвами и слёзами радости избрал королём Фридриха V.