А в январе 1725 года умер император Петр Первый. У взошедшей на трон Екатерины I появились новые элементы в китайской политике, насторожившие Пекин. В итоге епископ Иннокентий остался в России. Вместо него в Пекин, по указу Екатерины I от декабря 1726 года, начальником миссии был назначен архимандрит Антоний (Платковский) «с приличным числом священников и прочих церковных служителей, а именно от четырех до шести персон». Понятно, что в таком составе широкую миссионерскую деятельность развернуть было нелегко.
Для второй миссии было отведено весьма почетное место в центре Пекина на посольском дворе, вблизи от императорского города, правительственных канцелярий и торговых улиц. Прежде здесь останавливались вассальные князья, прибывавшие ко двору. С приездом Русской миссии посольский двор стали называть Наньгуань (Южное подворье) в отличие от Бэйгуань (Северного подворья), где жили албазинцы. На средства, выделенные цинским правительством, на Южном подворье поставили каменный храм и перенесли в него икону святителя Николая Чудотворца. Храм возводили китайцы по своей традиционной строительной технологии: он оказался на удивление прочным и устоял даже во время страшного землетрясения, когда только лишь в Пекине погибло около 75 тысяч человек.
Изучая материалы и документы той эпохи, можно с прискорбием сказать, что не все русские миссионеры отличались благочестием, не все они выдержали тяжелые условия жизни в Китае. Некоторые морально и физически сломались, так и не вернулись на Родину, скончавшись в Китае. Но было и подвижничество, твердое служение православной вере, долгу и Отечеству. И таких примеров — множество.
19 век
В апреле 1997 года года Священный Синод Русской Православной Церкви постановил «Восстановить исполнение указа Синода о почитании в лике местночтимых святых мучеников священномученика Митрофана и 221 православных мирян, с ним в Китае пострадавших. Днём их памяти определить 24 июня».
Существование в столице Китая на протяжении почти двух с половиной веков (1715–1954) Русской духовной миссии — явление во многом уникальное. Члены миссий (всего таких миссий было двадцать) являлись свидетелями, а подчас и участниками крупных событий, происходивших в истории Китая и российско-китайских отношений. Официальным посланникам российского правительства, приезжавшим в Китай, долгое время не удавалось получить от властей маньчжурской династии Цин разрешение на создание в Пекине на постоянной основе светского дипломатического представительства России. Поэтому начальникам и другим членам миссий Русской Православной Церкви с одобрения Санкт-Петербурга приходилось неофициально брать на себя в Пекине серьезные дипломатические функции. Некоторые члены миссии проявили себя искусными дипломатами. Это при том, что им приходилось действовать в крайне специфических условиях цинского Китая с его политикой самоизоляции от внешнего мира и высокомерно-презрительного отношения к иностранцам. Тем не менее представители Русской Православной Церкви нередко весьма успешно отстаивали интересы Российского государства и его подданных, в том числе инославных.
Особо важно отметить, что пекинская миссия дала России первых крупных ученых-китаистов. Их научное наследие и ныне представляет собой настоящую сокровищницу российского китаеведения. Например, перу архимандрита Иакинфа (Бичурина), возглавлявшего 9–ю миссию с 1807 по1821 год, принадлежит свыше ста крупных исследований, статей, переводов китайских исторических, географических и философских произведений. Биография отца Иакинфа необычна и полна драматизма. Он родился в 1777 году в небольшом чувашском селе в семье дьячка. Учился в Казанской семинарии, которую блестяще закончил и вскоре принял монашеский постриг. Затем молодой монах был возведен в сан архимандрита и направлен в Иркутский Вознесенский монастырь. Там он был определен ректором местной семинарии. Но из-за конфликта с семинаристами его через какое-то время перевели в Знаменский монастырь в Тобольск — тогдашнюю сибирскую столицу и важный центр по связям России с Китаем.