Когда многотысячные отряды повстанцев стали приближаться к Пекину, то китайские власти, заверив членов миссии, что им нечего опасаться, выделили для охраны территории Северного подворья десять стражников, вооруженных копьями. Но по настоянию российского дипломатического посланника М. Н. Гирса все русские члены духовной миссии покинули Северное подворье и перебрались в так называемый Посольский квартал, взяв с собой только самое ценное из церковной утвари и главную реликвию миссии — икону святителя Николая Мирликийского из албазинской церкви. Она была принесена в Пекин еще в 1685 году пленными казаками. Вечером 1 июня 1900 года ихэтуани дотла сожгли Северное подворье. Также в Пекине было разгромлено русское кладбище, «причем памятники были разрушены, могилы разрыты, и кости почивших выброшены из могил», — говорится в документах.
Основная резня произошла в ночь с 10 на 11 июня (по новому стилю с 23 на 24 июня) в церкви при миссии, где в то время находился отец Митрофан, подбадривавший и утешавший верующих людей. Среди современных православных китайцев известна следующая версия событий. Некоторые убеждали пастыря идти в российское посольство, чтобы спастись, но он отказался. А когда ворвавшиеся в церковь громилы схватили отца Митрофана и потребовали от него отказаться от веры в Христа, то священник ответил им: «Мой Бог Иисус Христос — Бог не только русских, но и китайцев, и всех людей мира». Пытаясь устрашить пастыря, головорезы убили его матушку и детей прямо у него на глазах. «Теперь ты видишь, что ваш Бог Иисус Христос не спас их», — сказали они. Отец Митрофан в ответ произнес: «Нет, Он спас их. Я встречу их в Царствии Небесном». — «Где это Царствие Небесное?» — «Я вижу его. Вы не можете видеть его, потому что вы не крещены во имя Отца и Сына и Святого Духа. Если вы уверуете в Иисуса Христа, Он откроет ваши глаза и покажет вам Царство Небесное». После этих слов пастыря убийцы выкололи ему глаза и сказали: «Теперь что ты видишь?» — «Теперь я вижу Царство Небесное лучше, не плотскими глазами, а моей душой и сердцем». Тогда они убили его и разрубили тело мученика на мелкие части. Страшную смерть приняли и остальные христиане: всего 222 человека, в том числе женщины и дети.
* * *
Мученический подвиг православных китайцев не забыт. В апреле 1997 года Священный Синод Русской Православной Церкви постановил «восстановить исполнение Указа Синода о почитании в лике местночтимых святых мучеников священномученика Митрофана и 221 православных мирян, с ним в Китае пострадавших. Днем их памяти определить 24 июня».
Начало 20 века
В 1914 году в состав Русской духовной миссии входило более 80 человек: 35 русских и 46 китайцев. Издававшийся ею в Пекине журнал «Китайский благовестник» в том же году утверждал, что «китайцы во многих местах отдают предпочтение православной вере перед католичеством и протестантством».
«Боксерское» восстание 1900 года, имевшее ксенофобский, а также и антихристианский характер (в КНР его считают антиимпериалистическим и патриотическим), было трудным испытанием для Православия в Китае. Как считается, примерно из тысячи человек китайской православной паствы Русская духовная миссия потеряла около трехсот. Некоторые из-за страха отреклись от Православия, но другие стали мучениками за веру Христову. В их числе 222 верующих в Пекине, о которых уже шла речь. В память об убиенных православных китайцах на территории подворья миссии был позднее воздвигнут храм Всех святых мучеников.
Тяжелые утраты, и не только материальные, понесла и русская колония в Маньчжурии. Печальна была участь отряда (около ста человек строителей и защитников еще тогда недостроенной Китайско-восточной железной дороги), пробивавшегося из Мукдена (Шэньяна) к корейской границе под командованием поручика Валевского и инженера Верховского. До безопасных мест многие не добрались. Поручик Валевский получил смертельную рану в бою, а захваченный в плен инженер Верховский был казнен. Его голову повесили в клетке. Спустя год на Пятницком кладбище в Москве появился скромный памятник с надписью: «Борис Александрович Верховский. 1873–1900. Здесь погребена голова инженера путей сообщения Бориса Александровича Верховского, казненного китайцами — „боксерами“ в Маньчжурии в городе Ляоян в июле 1900 года. Останки привезены в Россию в 1901 году».