В конечном итоге восстание было подавлено. В августе 1900 года небольшие по численности — всего около 15 тысяч — экспедиционные войска восьми держав, в том числе и России, после двухдневных боев штурмом взяли Пекин. Длившаяся в течение 56 дней осада Посольского квартала, где от бесчинств «боксеров» — ихэтуаней спасались дипломатический корпус и множество иностранцев, включая членов Русской духовной миссии, была снята. Отряды «боксеров» и 70–тысячный гарнизон цинской столицы были разгромлены или отступили из города. Вдовствующая императрица Цыси, которая вела двуличную политику и заигрывала с «боксерами», слабовольный император Гуансюй, а также многие высшие сановники бежали в глубь страны…
Начальник 18–й миссии архимандрит Иннокентий (Фигуровский) очень тяжело переживал гибель единоверцев в Китае и уничтожение плодов огромного труда многих поколений миссионеров, но не впадал в уныние. Сразу же после снятия осады он отправился к разгромленному подворью миссии — Бэйгуань. Побывав на пепелище, пастырь не вернулся в Посольский квартал, а нашел приют в близлежащем ламаистском монастыре Юнхэгун, одна из кумирен которого была превращена в православную церковь. Сюда же стали стекаться и уцелевшие православные китайцы. А вскоре отец Иннокентий спас от разграбления монастырь Юнхэгун, лично преградив дорогу в него германскому отряду. Архимандрит заявил непрошеным гостям, что он не позволит причинить вред монастырю и его обитателям. Его решительное вмешательство сыграло свою роль — немцы ретировались. Китайские власти потом высоко оценили его благородный поступок и в знак благодарности подарили Русской миссии большой участок земли, прилегавшей к Северному подворью, с постройками. Этот комплекс домов традиционной китайской постройки сохранился по сей день на территории посольства Российской Федерации и известен под названием «красная фанза» («красный дом»).
С именем пастыря, затем архипастыря Иннокентия (1863–1931) связана целая эпоха в истории Русской духовной миссии, которую он возглавлял 35 лет. Это был неординарный человек. Один из стажеров миссии так впоследствии писал о нем: «Трибун по умению внушать свои мысли, ученый по знаниям и богатырь по внешнему виду, он сразу же умел располагать к себе слушателей». Сын священника Енисейской епархии, он с детства участвовал в миссионерской работе своего отца среди малых народов Сибири. Проповедь Православия отец Иннокентий считал главной целью своей жизни. У него складывалась блестящая церковная карьера в России. Но архимандрит Иннокентий с готовностью покинул Родину для миссионерской работы в Китае. Интересно, что в Пекин он отправился через Западную Европу, чтобы там познакомиться с постановкой миссионерского дела у своих западных коллег.
Летом 1901 года архимандрита Иннокентия вызвали в Петербург для консультаций в Синоде о будущей судьбе миссии. Понесенный урон оказался настолько велик, что после «боксерского» восстания даже обсуждался вопрос о ее закрытии и полном прекращении православной миссионерской деятельности в Китае. Однако во многом благодаря подвижнической роли отца Иннокентия, ставшего вскоре епископом и вернувшегося в Китай в августе 1902 года, деятельность миссии под его руководством была возрождена.
Во время Русско-японской войны 1904–1905 годов возникло «Братство Православной Церкви в Китае», а при нем — комитет «для попечения о больных, раненых и нуждающихся воинах и их семей». Духовная миссия в Пекине перед Первой мировой войной имела довольно солидные материальные и финансовые средства и не такой уж малый штат. Годовой бюджет доходил до 100 тысяч рублей золотом. Во время войны, к 1917 году, капитал миссии приближался к 1 миллиону рублей, и весь он был помещен в русские военные займы. Глава миссии, стремясь к экономической самостоятельности, старался сделать ее материально независимой. С этой целью он открыл несколько магазинов, где работали в основном православные китайцы.
В 1914 году в состав Русской духовной миссии входило более 80 человек: 35 русских и 46 китайцев. Издававшийся ею в Пекине журнал «Китайский благовестник» в том же году утверждал, что «китайцы во многих местах отдают предпочтение православной вере перед католичеством и протестантством». Однако по большому счету реальность была не столь уж благостной. К примеру, за весь 1913 год было крещено только 487 человек. В предреволюционный 1916 год, когда миссия функционировала еще нормально, общее количество китайцев православного вероисповедания составляло чуть более 6 тысяч человек. А вот католиков и протестантов среди китайцев оказалось тогда во много раз больше! Если посмотреть данные переписи 1920 года, то католиков в Китае насчитывалось почти 2 миллиона (в 1900 году — 740 тысяч). Количество протестантов с 80 тысяч в 1900 году достигло примерно 400 тысяч в 1922 году.