При очень скромном бюджете и малочисленном штате глава 15–й миссии смог сохранить лучшие традиции научного изучения Китая. Сам он написал немало трудов по истории и культуре религий Китая и составил лучший для того времени «Китайско-русский словарь». Новым и главным направлением его деятельности стала подготовка к более активной проповеди Православия среди местного населения. Лучших своих сотрудников архимандрит Палладий нацелил на перевод Священного Писания, богослужебных текстов и богословских сочинений на китайский язык. Также были сделаны первые шаги для подготовки священнослужителей из местного населения. Именно отец Палладий обратил внимание на способного китайского мальчика по имени Цзи Чунь и целенаправленно начал заниматься его подготовкой. А когда он, серьезно заболев, по совету врачей собрался ехать в Россию, то поручил своему преемнику архимандриту Флавиану завершить подготовку юноши к принятию сана священника. К сожалению, архимандриту Палладию не довелось дожить до этого важного события в истории Православия в Китае. Не смог он и благополучно вернуться в родное Отечество. В декабре 1878 года священнослужитель скончался от разрыва сердца в Марселе, куда он прибыл из Китая морским путем, и был похоронен в Ницце.
Первый китайский православный священник — отец Митрофан (Цзи Чунь) — был рукоположен в 1882 году. Он немало лет прослужил в миссии, пока из-за проблем со здоровьем не ушел в заштат и стал получать скромную пенсию. А впереди его ждала мученическая кончина. Трагедия случилась в 1900 году, когда на значительной части территории Китая бушевало так называемое «боксерское» восстание. К этому времени 18–я духовная миссия, которую возглавил архимандрит Иннокентий (Фигуровский), заметно активизировала проповедь Православия в Срединной империи, не ограничиваясь только Пекином. Это было связано с серьезным укреплением позиций России на северо-востоке Китая. Весной 1896 года между Россией и Китаем был заключен секретный так называемый Московский договор — оборонительный союз России и Китая против становящейся все более агрессивной Японии. Статья 4–я договора гласила: «Чтобы облегчить доступ русским сухопутным войскам в угрожаемые пункты и для обеспечения их съестными припасами, китайское правительство соглашается на сооружение железнодорожной линии через китайские провинции Амурскую (то есть провинцию Хэйлунцзян. — Авт.) и Гиринскую (Цзилинь. — Авт.) в направлении на Владивосток».
Вскоре через Маньчжурию на русские деньги и с участием большого количества специалистов из России началось сооружение Китайско-восточной железной дороги (знаменитой КВЖД). На линии КВЖД возник ее центр — новый город Харбин с многотысячной русской православной общиной, появились другие станции и населенные пункты, обслуживающие эксплуатацию железной дороги. Практически сразу же там началось строительство православных церквей. Весной 1898 года Россия заключила с Китаем договор о приобретении в аренду на 25 лет на Ляодунском полуострове незамерзающего Порт-Артура в качестве военноморской базы и торгового порта Дальний и о концессии на строительство железнодорожной ветки (так называемая Южно-маньчжурская железная дорога) от КВЖД до этих пунктов. Там тоже возникли православные общины, и началось возведение храмов.
…Многие жители Китая и большая часть его правящего класса очень болезненно реагировали на агрессивные и все более бесцеремонные действия ряда зарубежных держав (особенно Японии, Германии и Англии) в Поднебесной и тяжело переживали выявившееся техническое и прочее отставание своей страны. При этом немало китайцев по-прежнему считали иностранцев «варварами». Своеобразной формой протеста против политики иностранных держав и унижения Китая на рубеже XIX–XX веков стало крайне ксенофобское движение ихэтуаней. В переводе «ихэтуань» значит «отряды справедливости и согласия». Но за рубежом, в том числе и в России, они стали более известны как «боксеры», поскольку на многих знаменах ихэтуаней были изображены большие кулаки или были написаны три иероглифа «и-хэ-цюань», что можно перевести как «кулак во имя справедливости и согласия». Все несчастья, выпавшие на долю китайского народа, — неурожаи, наводнения, засуху, голод и нищету — «боксеры» приписывали иностранцам. Их они называли не иначе как «янгуйцзы» (в буквальном переводе — «заморские дьяволы»).
Особо жестоко ихэтуани преследовали китайцев-христиан и иностранных миссионеров. Они пытали и насиловали их жен и детей, превращали их дома и церкви в пепелища. За весь период восстания погибло до 30 тысяч католиков и 2 тысячи протестантов. Из 2500 иностранных миссионеров было убито 134 человека. По словам религиозного историка иеромонаха Николая (Адоратского), «Православие не вторгалось насильственно в Срединную империю, как то было с другими исповеданиями». Однако восстание ихэтуаней не обошло стороной Русскую духовную миссию и православные общины.