Он затворяется на Городище. Едва проходит первая тоска потрясения, он призывает Малюту Скуратова-Бельского и требует, чтобы тот составил список всех загубленных во время погрома, имена которых ему надлежит, как он завёл во спасенье души, поместить в поминальный листок. Никакого списка Малюта Скуратов-Бельский составить не может: от мечей и ножей озверелых опричников погибли многие, случайные, большей частью неизвестные люди, имена которых можно, но трудно установить. Едва ли у Иоанна достаёт сил кричать, требовать, повелевать, угрожать, так он уничтожен и потрясён. Он мог бы, конечно, заставить Малюту Скуратова-Бельского установить имя и отечество каждой жертвы погрома, однако ограничивается лишь тем, чтобы жертвы были сосчитаны. Он вносит в свой поминальный листок имя за именем всех, чья вина была установлена, кто был лишён жизни его царским судом после тщательно проведённого следствия. Однако имеется и другая, жуткая запись о тех, за кого он тоже считает нужным держать ответ перед Богом, в свой поминальный листок он вносит и их, а всё-таки, по его мнению, большая тяжесть греха должна лежать на Скуратове-Бельском:
Невероятная цифра, в пять, в шесть, в семь раз большая числа казнённых по его приговорам, и как только ему открываются истинные масштабы кровавого бедствия, его поведение, его тон неузнаваемо, резко меняются. На утро тринадцатого февраля он призывает на Городище выборных от каждой улицы всех пяти новгородских концов. Он выходит к ним. Он видит перед собой унылых, трепещущих, мертвенно-бледных, ожидающих неминуемой смерти людей. Но уже не смерть в его державной руке. В его облике кротость, милосердие, чувство вины, он точно прощения просит у Великого Новгорода:
— Мужи новгородские, все доселе живущие! Молите Господа Бога, Его Пречистую Матерь и всех святых о нашем благочестивом царском державстве, о детях моих благоверных, царевичах Иване и Фёдоре, о всём нашем христианском воинстве, чтобы Господь Бог даровал нам победу и одоление на всех видимых и невидимых врагов, а судит Бог общему изменнику моему и вашему, владыке Пимену, его злым советникам и единомышленникам: вся эта кровь взыщется на них, изменниках. Вы об этом теперь не скорбите, живите в Новгороде благодарно, я вам вместо себя оставляю правителем боярина своего и воеводу, князя Петра Даниловича Пронского. Идите в домы свои с миром!