Узнав об этом, Борис Фёдорович решил действовать решительно и перехватить инициативу у Боярской Думы. Уже в марте с южной границы приходили тревожные вести о возможном новом нашествии крымских ратных людей. 1 апреля Разрядный приказ объявил, что крымская орда «часа того» движется к русским рубежам. Вероятно, и этим был вызван скорый приезд Годунова в Москву. Он использовал ситуацию на южной границе в своих целях. После 20 апреля правитель объявил, что лично возглавит поход войск к Большой Засечной Черте. К началу мая полки были собраны, а боярство поставлено перед выбором либо занять высшие командные посты в войсках, либо отказаться от участия в обороне рубежей России и этим навлечь на себя обвинения в измене. Боярская Дума на время вынужденно подчинилась воле Годунова. В начале мая Годунов вышел с полками на Оку и устроил огромный военный лагерь под Серпуховом. Этим он добился больших дипломатических успехов. Крымские послы, явившиеся туда с предложением о мире, признали за ним царский титул. Английская королева поздравила его с восшествием на престол.
Серпуховской поход стал решающим этапом борьбы Годунова за верховную власть. Он щедро наградил детей боярских, дворян, стрельцов, казаков и других воинских людей большим жалованием и подарками. Затем для всех участников похода был устроен поистине царский пир. Непокорное боярство, решая свои местнические споры, склонило голову перед правителем.
В июле после похода Земский собор возобновил свою деятельность в столице. Делегаты собора в большинстве своём присягнули Борису Годунову. Однако
Годунов вновь обосновался в Новодевичьем монастыре. Однако Москва целовала Крест новому царю «в пору жатвы» – в конце июля – в августе. Всё более решаясь принять венец, Борис Годунов испытывал явный страх перед тайными злоумышлениями бояр и сопротивлением своих недоброжелателей. Тогда патриарх и его окружение 1 сентября (на «новолетие») в четвёртый раз организовали шествие народа в Новодевичий монастырь. Борис Фёдорович милостиво согласился принять царский венец «по древнему обычаю». Наконец 3 сентября 1598 года Годунов был венчан в Успенском соборе Кремля. Новый государь дал обет не проливать кровь ослушников в течение пяти лет. Многим представителям знати были пожалованы высшие боярские и думные чины. Особых милостей удостоены были Романовы и Бельский. Боярство получило желаемые гарантии против возобновления казней.
На Земском соборе, созванном в следующем, 1599 году, подавляющее большинство представителей Боярской думы подписало избирательную грамоту и признало Годунова царём. Казалось, междуцарствие закончилось в его пользу.