Падение Дерпта (третьего и последнего города после Риги и Ревеля) произвело такой страх и смущение в Ливонии, что многие укрепленные места после того сдавались русским без сопротивления, и тем более, что черные люди, т. е. туземцы Чудь и Ливы, охотно приносили присягу на русское подданство. Число всех завоеванных в северной части Ливонии городов и замков простиралось теперь до 20. Русские доходили до Ревеля, и Шуйский посылал склонять граждан к сдаче, но пока не решился осаждать этот крепкий город. Заложив в некоторых местах православные церкви и расставив везде гарнизоны, русское войско к осени по обычаю удалилось в отечество.
После отступления Фирстенберга от Киремпе к Валку неспособность его сделалась столь очевидною, что орденские чины решились назначить ему коадъютора. Выбор их пал на динабургского комтура Готгарда Кетлера, который в это критическое время выдвинулся своими талантами и энергией; он особенно отличился при помянутом отступлении, храбро прикрывая тыл уходившего войска от русских, причем не раз подвергал свою жизнь опасности. В его руки теперь перешло дальнейшее ведение войны с Москвою; а Фирстенберг, оставаясь магистром только по имени, удалился в крепкий замок Феллин. Когда князь Шуйский с главным войском ушел из Ливонии, Кетлер поспешил воспользоваться этим обстоятельством, чтобы отвоевать обратно завоеванные города, главным образом Дерпт. Ему удалось собрать до 10 000 человек; но по пути к Дерпту его задержала мужественная оборона замка Рингена, который занимали всего 90 человек под начальством боярского сына Русина Игнатьева. Хотя Ринген был наконец взят, но князь Курлятев и другие русские воеводы, сидевшие в Дерпте, успели дать в Москву весть об опасности и приняли все меры предосторожности; между прочим, многих юрьевских граждан, подозреваемых в сношениях с Кетлером, они отправили в Псков, где их держали до минования опасности. Во время осады Рингена некоторые немецкие отряды ходили даже в Псковскую землю и разорили там несколько волостей. Узнав о приближении большой московской рати, Кетлер ничего не решился предпринять против Юрьева и ушел назад. Вскоре потом, в январе 1559 года, явилась в Ливонию эта русская рать, предводимая князем Микулинским и татарским царевичем Тохтамышем. На сей раз она обратила свои опустошения на южную часть Ливонии и разными отрядами пошла по обеим сторонам Двины. По словам ливонских летописцев, это нашествие сопровождалось таким же разорением и жестокостями, которыми ознаменовано было и первое вторжение русских. Они доходили до самой Риги и к весне воротились назад с огромною добычею. В эту трудную эпоху ливонцы снова обратились к государям Швеции, Польши и Дании с просьбою о помощи или о ходатайстве, и те действительно отправили посольства в Москву. Из них наиболее посчастливилось послам датского короля Фридриха II; снисходя на его просьбу, Иоанн согласился дать ливонцам шестимесячное перемирие. Главною причиною такой внезапной уступчивости были, впрочем, военные действия против крымских татар, отвлекшие тогда силы и внимание царя. Это шестимесячное перемирие имело важные последствия: оно не спасло самобытного существования Ливонии, но немало помогло ей ускользнуть от русского завоевания.